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Olink蛋白質(zhì)組—初見生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學研究中最常用的方法莉擒，作為蛋白質(zhì)組學研究中的扛把子迫横，它具有高分辨率效斑、高靈敏度造虏、高準確度梯醒、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點等優(yōu)點灶芝。但對...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Count轉(zhuǎn)換為FPKM或TPM
Count：高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)郑原。可以使用featureCounts夜涕、HTseq-count等軟件進行計算 FPKM：全稱...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建在得到我們感興趣的基因集后犯犁，除了對其進行GO等富集分析查看與什么重要的生物學通路相關(guān)，還可以進行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-P...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析差異分析之后女器，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學進程酸役，我們需要對差異基因進行功能富集分析。基因富集分析（gene set enric...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一涣澡，就是探索組間顯著表達變化的基因——差異表達基因贱呐。那么，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達值入桂，識別差異表達變化的基因或其它非編...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量salmon是一款不基于比對而直接對基因進行定量的工具奄薇，適用于轉(zhuǎn)錄組、宏基因組等分析抗愁。其優(yōu)勢是： 定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包馁蒂，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Hub...
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如何鑒定數(shù)據(jù)的建庫方式（鏈特異性或非鏈特異性）
來自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，很多文章方法描述簡單蜘腌，無法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù)沫屡，導致在mapping和raw reads count時參數(shù)不知如何選擇...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—STAR比對最近使用了另一個很火的比對軟件：STAR。STAR在比對速度上勝過其他比對器50多倍撮珠，在一個普通的12核服務(wù)器上谁鳍，每小時比對5.5億2 x 76...
