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如何自定義circos圖的配色1.先來認(rèn)識(shí)一下circos的配色體系 下載安裝circos之后，在安裝目錄下面有一個(gè)png圖片，上面顯示的是circos支持的配色和字體樣式贾铝。...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來處理vcf和bcf文件的工具集邓了，功能涵蓋了過濾索守，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換刘离，一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算室叉，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 ...
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vcf文件與vcftools（一）在用于存儲(chǔ)reads比對(duì)結(jié)果的SAM/BAM格式提出之后（2009年）硫惕，用于存儲(chǔ)變異檢測結(jié)果的格式VCF( variant call forma...
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karyoploteR: 畫一個(gè)測序深度分布圖??測序深度的分布圖是很常見的一類圖太惠，可用于發(fā)現(xiàn)染色體片段或整條染色體的缺失或是重復(fù)。如果是缺失疲憋，測序時(shí)捕獲的概率就小，最終比對(duì)呈現(xiàn)出來的就是有...
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小白的circos學(xué)習(xí)筆記（一）??距離上次畫circos圖梁只，已經(jīng)4個(gè)月了缚柳，至今仍然記得當(dāng)時(shí)在Linux下裝Perl模塊時(shí)的慘烈埃脏。最后果斷選擇用Windows版的，至于如何在W...
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DESeq2的基本使用DEseq預(yù)熱 主要就是這幾個(gè)步驟了秋忙。 1. counts: 查看每個(gè)樣本在每個(gè)基因上的counts數(shù) 2. 構(gòu)建DESeqDataSet 3....
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htseq-count的一個(gè)坑
已經(jīng)在多個(gè)地方看到有人吐槽htseq-count了彩掐，原因就是它對(duì)bam的排序有嚴(yán)格要求，必須是按照reads name來排序才能運(yùn)行灰追。本著”實(shí)踐...
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Mapchart: 繪制loci在染色體上的位置圖Mapchart不僅能繪制高密度連鎖群堵幽，還能標(biāo)注QTL、繪制LOD變化曲線弹澎、不同圖譜共線性比較等 功能齊全朴下，使用簡單。這次我主要學(xué)習(xí)的是用Map...
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bedtools的一個(gè)報(bào)錯(cuò)：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原來是坐標(biāo)數(shù)值太大（也可以說是基因組si...
