31篇文章 · 15251字 · 34人關(guān)注
-
富集的物種不是人咋整啊1.ID轉(zhuǎn)換 首先是要轉(zhuǎn)換ID,擬南芥是要TAIR id來(lái)做富集分析稚字。怎么知道的呢娃磺？ 如果拿ENTRIZID來(lái)做腋妙，會(huì)收到這樣式的報(bào)錯(cuò)信息： 那我...
-
WGCNA（一）案例：研究蘋(píng)果的果皮顏色機(jī)制任務(wù)驅(qū)使湾宙，直接看代碼不明白是在干嘛妒御。所以找了基因課的WGCNA課程來(lái)看解愤，鏈接：http://genek.tv/[http://genek.tv/...
-
一個(gè)數(shù)據(jù)里兩種分組信息怎么做差異分析1.背景知識(shí) 眾所周知，limma可以做基因表達(dá)芯片和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的差異分析乎莉，可以方便的得處兩組之間有表達(dá)量差別的基因送讲。多分組差異分析其實(shí)也是兩兩...
-
log10數(shù)據(jù)要當(dāng)心基因表達(dá)芯片的數(shù)值范圍是需要關(guān)注的信息。 可以從箱線(xiàn)圖上面看出大部分的端倪惋啃。 特殊數(shù)據(jù)看過(guò)來(lái) 這個(gè)數(shù)據(jù)的范圍是在0-4之間的哼鬓。正常的log之后的...
-
trans_array：探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣 [TOC] #### 0.背景知識(shí) trans_array這個(gè)函數(shù)的作用是講探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣。 因?yàn)樘结樅突虿皇?..
[TOC] 0.背景知識(shí) trans_array這個(gè)函數(shù)的作用是講探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣边灭。 因?yàn)樘结樅突虿皇且灰粚?duì)應(yīng)的關(guān)系异希，會(huì)存在多個(gè)...
-
探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換0.介紹一下find_anno 我搞了一個(gè)函數(shù)，名叫find_anno存筏，可以根據(jù)GPL平臺(tái)編號(hào)給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個(gè)代碼可以用 ...
-
又一個(gè)有點(diǎn)難的探針注釋
1.下載GPL頁(yè)面的表格文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL231...
-
WGCNA（三）代碼實(shí)現(xiàn)0.數(shù)據(jù)預(yù)整理 這是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)宠互，GSE199335。 整理數(shù)據(jù)的代碼椭坚，尤其是分組信息和探針注釋?zhuān)驍?shù)據(jù)而異予跌。 下面的代碼主要自WG...
-
cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個(gè)學(xué)生求助，得到空的表達(dá)矩陣善茎，限于目前初學(xué)的狀態(tài)券册，處理原始數(shù)據(jù)比較困難，但又急用垂涯，這不烁焙，我來(lái)幫忙咯。 1.初步探索 表達(dá)矩陣確實(shí)是空的耕赘，不...
