任務(wù)驅(qū)使他挎，直接看代碼不明白是在干嘛。所以找了基因課的WGCNA課程來看，鏈接：http://genek.tv/昧甘，本文是該課程的學(xué)習(xí)記錄。
文章下載鏈接：
Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anthocyanin and epigenetic regulation
https://www.researchgate.net/publication/282287679_Transcriptome_analysis_of_an_apple_Malus_domestica_yellow_fruit_somatic_mutation_identifies_a_gene_network_module_highly_associated_with_anthocyanin_and_epigenetic_regulation
概念補(bǔ)充
基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊（module),探索基因網(wǎng)絡(luò)與研究的性狀之間的聯(lián)系战得。
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
Weighted Gene Co-Expression Network Analysis 即WGCNA--構(gòu)建基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的典型系統(tǒng)生物學(xué)算法充边，適用于芯片、RNA-seq常侦，需要至少15個(gè)樣本浇冰。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
實(shí)驗(yàn)材料是兩個(gè)品種的蘋果，一種是紅蘋果KID聋亡，另一種是黃蘋果BLO湖饱，4個(gè)生長階段（S1-S4）各取樣一組（3個(gè)重復(fù)），每種取4組樣本杀捻，分別對(duì)這8組24個(gè)樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和花青素含量測定井厌。
差異分析
ABCD分別以韋恩圖展示了：不同時(shí)期兩類蘋果的差異基因（A）；同一類蘋果不同時(shí)期的差異基因（B致讥、C）仅仆；兩類蘋果各個(gè)時(shí)期共有的差異基因和兩類蘋果S1與S4的差異基因（D）；
WGCNA分析
step1模塊劃分
按基因表達(dá)模式進(jìn)行基因聚類垢袱，自動(dòng)將表達(dá)模式相似的基因劃分為一個(gè)模塊墓拜，同一模塊的基因在功能上可能具有相關(guān)性。
step2：模塊與花青素含量的相關(guān)性分析
對(duì)3299個(gè)差異基因劃分為9個(gè)主要模塊请契，其中Pink與花青素的相關(guān)系數(shù)達(dá)到0.95咳榜，該模塊的34條基因是研究重點(diǎn)夏醉。
step3：對(duì)相關(guān)性最高的模塊的所有基因進(jìn)行可視化展示
step4：從相關(guān)性最高的模塊中篩選最重要的基因
pink模塊種的基因與花青素含量進(jìn)行相關(guān)性分析，計(jì)算Gene significance（GS）值涌韩。
GS最高的兩個(gè)基因是MdMYB10和MdGST畔柔。對(duì)GS較高的幾個(gè)基因進(jìn)行qPCR驗(yàn)證。MdGST是花青素存儲(chǔ)和運(yùn)輸過程中的重要基因臣樱，MdMYB10是一個(gè)MYB類型的轉(zhuǎn)錄因子靶擦。
step5：qPCR驗(yàn)證表達(dá)量差異
表達(dá)量差異只是現(xiàn)象，對(duì)差異背后的原因進(jìn)行篩選：
原因一：DNA變異
未發(fā)現(xiàn)DNA序列變異
原因二：表觀修飾
使用McrBC-PCR方法鑒定MDMYB10啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化水平
1.MdGST未發(fā)現(xiàn)甲基化水平差異
2.MdMYB10的MR3和MR7區(qū)域存在差異甲基化雇毫，甲基化水平黃蘋果高于紅蘋果玄捕，表達(dá)量黃蘋果顯著低于紅蘋果。
原因三：轉(zhuǎn)錄調(diào)控
MdGST上有19個(gè)MYB類型轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)棚放，可能有轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控枚粘。
結(jié)論
黃蘋果中，MdMYB10基因上游的甲基化抑制了該基因的表達(dá)飘蚯，而該基因是一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子赌结，轉(zhuǎn)錄因子的低表達(dá)導(dǎo)致了MdGST的低表達(dá)，MdGST是花青素存儲(chǔ)和運(yùn)輸?shù)年P(guān)鍵基因孝冒，因此導(dǎo)致了花青素含量降低柬姚，導(dǎo)致蘋果顏色差異。
WGCNA分析步驟
輸入數(shù)據(jù)：表達(dá)矩陣
構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
將表達(dá)模式相近的基因劃分為一個(gè)模塊
模塊與性狀之間的關(guān)聯(lián)分析庄涡，找到與目標(biāo)性狀相關(guān)性最高的模塊
（模塊之間的關(guān)聯(lián)分析）
模塊中核心基因的鑒定
WGCNA的核心理念
關(guān)心模塊與性狀之間的關(guān)系量承，而非單個(gè)基因與性狀的關(guān)系
