25篇文章 · 32884字 · 44人關(guān)注
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—關(guān)聯(lián)與進化分析方法描述?一珠叔、關(guān)聯(lián)分析&進化關(guān)系內(nèi)容及意義 a)RDA/CCA分析 基于對應(yīng)分析發(fā)展而來的一種排序方法蝎宇，又稱多元直接梯度分析。RDA是基于線性模型祷安，C...
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—差異分析方法描述一姥芥、差異分析內(nèi)容及意義 a)隨機森林模型（Random Forest） 一種非線性分類器，挖掘變量之間復(fù)雜的非線性的相互依賴關(guān)系汇鞭。 意義：找到能...
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—β多樣性分析方法描述一凉唐、β多樣性分析內(nèi)容及意義 a) 樣品間距離計算 Euclidean，Bray-Curtis霍骄，Unweighted_unifrac台囱，weight...
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—物種組成方法描述?一、物種組成分析內(nèi)容及意義 a)物種相對豐度圖 根據(jù) OTU 注釋結(jié)果分別在各個分類水平：domain（域）腕巡，kingdom（界）玄坦，phylu...
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—α多樣性分析方法描述
?一、α多樣性指數(shù)分析內(nèi)容及意義 a) 群落生態(tài)學中研究微生物多樣性绘沉，通過單樣品的多樣性分析（α[Alpha]多樣性）可以反映微生物群落的豐度和...
-
微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—OTU聚類與物種注釋方法描述
一煎楣、OTU聚類 a)序列按照97%相似度（Identity）劃分OTU，獲得OTU表格车伞，可以觀測樣品OTU分布情況择懂； b)主要步驟： ①去重復(fù)，...
-
微生物多樣性（擴增子或16S rDNA測序）-數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計方法描述
一另玖、數(shù)據(jù)的處理與統(tǒng)計 Miseq測序獲得的是雙端序列數(shù)據(jù)困曙，根據(jù)兩端序列的互補區(qū)域，進行拼接獲得單條完整序列谦去，同時對序列的質(zhì)量和拼接的效果進行質(zhì)控...
-
實驗報告解析及方法論—微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）
1.實驗報告的主體框架內(nèi)容 a)封面信息 b)項目實施信息 c)元基因組DNA提取過程及結(jié)果 d)PCR擴增過程及結(jié)果 e)樣品是否成功的判定標...
-
微生物多樣研究—關(guān)聯(lián)分析及系統(tǒng)發(fā)生進化關(guān)系一慷丽、關(guān)聯(lián)分析 1. RDA/CCA分析 RDA或者CCA是基于對應(yīng)分析發(fā)展而來的一種排序方法，將對應(yīng)分析與多元回歸分析相結(jié)合鳄哭，每一步計算均與環(huán)境...
