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【RNA-seq自學(xué)10】總結(jié)篇1挤茄、什么情況下用RNAseq RNAseq是一種高通量測序技術(shù)锻霎。它可以幫助我們理解在各種比較條件下，所有基因的表達(dá)情況的差異。簡單的理解，就是R...
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【RNA-seq自學(xué)09】數(shù)據(jù)分析之差異基因分析DEseq2首昔、可視化1、在R中安裝DESeq2軟件包 官方網(wǎng)站 2糙俗、運(yùn)行 準(zhǔn)備工作 DESeq2 進(jìn)行差異分析 可視化展示 畫火山圖 差異基因的提取 根據(jù)第1列是G...
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【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 勒奇、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量巧骚，也支持exon, gene bodies, genomic bins, ...
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【RNA-seq自學(xué)07】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量RSEM Kallisto
RSEM RSEM是對(duì)基因進(jìn)行表達(dá)定量的一個(gè)軟件撬陵，是基于STAR序列對(duì)比的基礎(chǔ)之上進(jìn)行的。而kallisto不需要進(jìn)行比對(duì)可以直接定量网缝。 安裝 ...
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【RNA-seq自學(xué)06】樣品分析之序列比對(duì)STAR安裝 conda install STAR 建立索引 STAR--runThreadN6\--runModegenomeGenerate\#工作...
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【RNA-seq自學(xué)5】樣品分析之去接頭Trimmomatic以上兩張圖是fastqc的結(jié)果，都表明樣本序列中是含有接頭序列的蟋定，adapter content的結(jié)果為fail粉臊。必須去接頭才能進(jìn)行下一部的序列...
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【RNA-seq自學(xué)4】樣品分析之質(zhì)量評(píng)估MultiQC及結(jié)果分析multiqc可以整合其它軟件的報(bào)告的軟件，能將fastqc生成的多個(gè)報(bào)告整合成一個(gè)報(bào)告的軟件驶兜，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量扼仲。 Multi...
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【RNA-seq自學(xué)03】樣品分析之質(zhì)量評(píng)估FastQC及結(jié)果分析本次實(shí)戰(zhàn)我采用的是B站某教程上的擬南芥數(shù)據(jù)远寸，教程鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN...
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【RNA-seq自學(xué)02】RNAseq的原理及流程RNAseq是一種高通量測序技術(shù)。它可以幫助我們理解在各種比較條件下屠凶，所有基因的表達(dá)情況的差異驰后。可以檢測的差異有：正常組織和腫瘤組織的之間的差異...
