生信技能樹題目答案 - 文集

23篇文章 · 10963字 · 10人關(guān)注

chipseeker包的一些參數(shù)上的理解
關(guān)于tssRegion參數(shù)：理解：1醋拧、TSS是：轉(zhuǎn)錄時，mRNA鏈第一個核苷酸相對應(yīng)DNA鏈上的堿基它的上游是promoter它的下游就是相...

0.6 4897 1 4
chip-seq的chipseeker包的使用
新年快樂~ 1淀弹、chipseeker包的介紹： ①丹壕、南科大Y叔寫的包，感謝②垦页、主要是對peaks的注釋和可視化 2雀费、這次用的數(shù)據(jù)，是chipse...

1.9 4332 0 8

R部分痊焊，計算。
要做什么忿峻？文章里面的：我自己的表達(dá)矩陣的的話：有60564個基因文章里面的“GSE130437_genes.fpkm_table”薄啥，有60603...

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生信技能樹，RNA-seq
新開了jimmy老師開的服務(wù)器逛尚，下載數(shù)據(jù)還是跑流程垄惧，感覺飛起來了一下，感激萬分绰寞。言歸正傳：下面是新的流程：文章：兩篇： ①到逊、Cancers ...

1.7 2182 0 7
R-做GSEA
先在GSEA下載R的包。代碼如下 input：昨天到現(xiàn)在滤钱，幾乎跑了一整天觉壶，但是還是沒有跑出結(jié)果。不知道是哪里出了問題件缸？

0.4 1400 0 2
再做GO+KEGG+GSEA
1铜靶、再做GO 代碼如下文章里面是做了生物過程和細(xì)胞的兩種分析。 2他炊、再做KEGG分析代碼如下： input：但是沒有紅藍(lán)色的標(biāo)點(diǎn)争剿。所以我...

0.7 1896 1 5
檢查前面的錯誤+再做熱圖
因為后面的數(shù)據(jù)對不上，所以從頭檢查一遍 1痊末、在合并的時候蚕苇，表達(dá)矩陣怎么會有這一列？ input文件夾里面凿叠，不知道怎么就加了一個mager的文檔在...

0.5 404 0 2

再做GO分析
代碼如下文章里面是做了生物過程和分析的兩種分析哭懈。

0.3 327 0 1
GO分析-KEGG
代碼如下，謝謝指導(dǎo) input：生物學(xué)意義：BP,CC,MF這些挑選出來的差異化基因主要是富集在哪些通路上壹置。 KEGG通路 input：謝謝...

854 0 0