因?yàn)楹竺娴臄?shù)據(jù)對(duì)不上理逊，所以從頭檢查一遍
1端仰、在合并的時(shí)候捶惜，表達(dá)矩陣怎么會(huì)有這一列？
input文件夾里面荔烧，不知道怎么就加了一個(gè)mager的文檔在里面
這列是干嘛的吱七？怎么來(lái)的汽久？
image.png
2、----在差異化分析的時(shí)候踊餐，
數(shù)據(jù)出錯(cuò)了景醇，基因比對(duì)不上。吝岭，
但是不知道為什么會(huì)出錯(cuò)的三痰，還是按照那個(gè)流程？
從新跑一遍窜管，那就沒(méi)問(wèn)題的了散劫。？幕帆？
----在差異化分析的時(shí)候获搏，
數(shù)據(jù)出錯(cuò)了，基因比對(duì)不上失乾。常熙，
但是不知道為什么會(huì)出錯(cuò)的，
檢測(cè)FOS基因的話(huà)碱茁，log2FoldChange= 0.04420872 裸卫，是匹配不上的。
從新讀入數(shù)據(jù)早芭，從新做一遍的話(huà)：
再次檢測(cè)FOS基因的話(huà)彼城，log2FoldChange = -4.648181诅蝶，這個(gè)就對(duì)的上了退个。
再做熱圖：
代碼如下
logFC_t = 2
DEG_symbolid$change=ifelse(DEG_symbolid$pvalue>0.05,'stable',
ifelse( DEG_symbolid$log2FoldChange > logFC_t,'UP',
ifelse( DEG_symbolid$log2FoldChange < -logFC_t,'DOWN','stable') ))
df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]
dim(df)
DEGs <- DEG_symbolid
library(ggplot2)
library(ggrepel)
ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+
geom_point(aes(color=change),size=2.5,alpha=1,na.rm = T)+
geom_hline(yintercept =-log10(0.05),color="#990000",
linetype="dashed")+
geom_vline(xintercept = -2,color="#990000",linetype="dashed")+
geom_vline(xintercept = 2,color="#990000",linetype="dashed")+
theme_bw(base_size = 14)+
scale_color_manual(values=c("red","#00B2FF","orange"))+
xlab(expression(log[2]("FoldChange")))+
ylab(expression(-log[10]("padj")))+
theme(legend.title = element_blank())+
ggtitle(label = "Volcano Plot",
subtitle = "Colored by fold-change direction")+
geom_label_repel(data=df,aes(x=log2FoldChange,
y=-log10(padj),
label=SYMBOL,fill=change),
color="white",size=5)+
scale_fill_manual(values=c("red","orange"))+
guides(fill=F)
input: 標(biāo)點(diǎn)的基因比對(duì)得上了。
image.png
