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近緣物種基因組之間基因id轉換
例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉為V4版本的vcf,就可以使用liftover進行帜慢。 如果有Zeamays B73 V4版本的基...
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使用NLR-Annotator工具鑒定NBS-LRR位點
從NLR-Annotator-2 github[https://github.com/steuernb/NLR-Annotator/tree/N...
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比較基因組學新工具CEGA
CEGA是一個基于C語言開發(fā)的比較基因組自然選擇的工具枢冤。GB CEGA原始文獻[https://genomebiology.biomedcent...
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TEsorter：TE的分類和可視化來源于：https://github.com/zhangrengang/TEsorter[https://github.com/zhangren...
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基因組古多倍化研究基因組加倍实胸、WGD择诈、古多倍化的專家列表：人員名單來源：https://wap.sciencenet.cn/blog-3459184-1268...
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mcmctree估計物種的分化時間mcmctree需要3個輸入文件 多序列比對的phy格式文件（注意：這個phy和一般軟件的phy不太一樣）使用腳本把多序列比對的fa格式轉為ph...
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使用EDTA評估基因組LAI值EDTA的功能設計是用來de novo注釋全基因組的TE序列 安裝EDTA EDTA github[https://github.com/ou...
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SV變異的鑒定
常規(guī)的基因組水平的SV變異很容易鑒定昔逗，比如syri或anchorwave都可以鑒定钉迷，我已寫好對應的流程。但是對于大規(guī)模的群體水平的SV鑒定仍然是...
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基因組中衛(wèi)星DNA鑒定工具：srf李恒課題組最新出品的srf用于鑒定基因組中的衛(wèi)星DNA.預發(fā)表地址： https://doi.org/10.48550/arXiv.2304.0...
