從NLR-Annotator-2 github NLR-Annotator-2的運行需要的文件棘劣，分別是store.txt,mot.txt,和NLR-Annotator-v2.1b.jar
需要java jdk1.6及以上
java -Xmx8G -jar ~/soft/NLR-Annotator/NLR-Annotator-v2.1b.jar -i nense.genome.chr.fa -x ~/soft/NLR-Annotator/mot.txt -y ~/soft/NLR-Annotator/store.txt -o nense.txt -t 24
參數(shù)說明：
-i 是基因組文件
mot.txt 這是作者提供的文件
store.txt 這是作者提供的文件
-o 輸出文件名
-t 使用的cpu數(shù)量携兵，默認(rèn)是1個
前面的-Xmx8G指定程序最大使用的內(nèi)存為8G
輸出結(jié)果是nense.txt
cut -f3 nense.txt|sort|uniq -c 查看結(jié)果的分類
30 CC-NBARC
313 CC-NBARC-LRR
140 NBARC
361 NBARC-LRR
19 TIR
1 TIR-CC-NBARC
2 TIR-LRR
25 TIR-NBARC
149 TIR-NBARC-LRR
根據(jù)NLR-Annotator論文寒锚，其中完整的NLR基因是由三部分組成的菌湃，所以TIR-NBARC-LRR或CC-NBARC-LRR的結(jié)構(gòu)的是完整NLR基因旧烧。
Steuernagel B, Witek K, Krattinger SG, Ramirez-Gonzalez RH, Schoonbeek HJ, Yu G, Baggs E, Witek AI, Yadav I, Krasileva KV, Jones JDG, Uauy C, Keller B, Ridout CJ, Wulff BBH. The NLR-Annotator Tool Enables Annotation of the Intracellular Immune Receptor Repertoire. Plant Physiol. 2020 Jun;183(2):468-482. doi: 10.1104/pp.19.01273IF: 7.4 Q1 . Epub 2020 Mar 17. PMID: 32184345; PMCID: PMC7271791.
根據(jù)下面這篇十字花科NLR基因鑒定的對比分析眉抬，作者的比較了NLR-Annotator和RGAugury之間的區(qū)別侧啼，發(fā)現(xiàn)RGAugury預(yù)測的NLR基因受到基因組組裝方式的影響比較大芜飘，有時候會鑒定的NLR基因比較少。
Soodeh Tirnaz, Philipp E. Bayer, Fabian Inturrisi, Fangning Zhang, Hua Yang, Aria Dolatabadian, Ting X. Neik, Anita Severn-Ellis, Dhwani A. Patel, Muhammad I. Ibrahim, Aneeta Pradhan, David Edwards, Jacqueline Batley, Resistance Gene Analogs in the Brassicaceae: Identification, Characterization, Distribution, and Evolution , Plant Physiology, Volume 184, Issue 2, October 2020, Pages 909–922, https://doi.org/10.1104/pp.20.00835
