軌跡推斷/分析是研究細(xì)胞動(dòng)力學(xué)的重要方法漏隐，它是單細(xì)胞研究應(yīng)用中一種常見(jiàn)的手段兴使。目前已經(jīng)開(kāi)發(fā)出了大量的軌跡分析算法立由，最常用是monocle系列（前...

今天學(xué)習(xí)另外一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測(cè)工具：DoRothEA给赞。很多文章用的也是這個(gè)工具舀武，看起來(lái)比pySCENIC好像快很多。其實(shí)骏啰，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析本...

有時(shí)候看單細(xì)胞的降維聚類(lèi)圖节吮，圖例那里會(huì)顯示亞群（或者cluster）的標(biāo)簽，有時(shí)候可能還有好幾個(gè)判耕，所以就在想怎么通過(guò)ggplot2去添加透绩，當(dāng)然可...

上面一個(gè)帖子，我們已經(jīng)構(gòu)建了擬南芥轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的motif數(shù)據(jù)庫(kù)壁熄，今天我們隨便找了一個(gè)擬南芥的例子來(lái)看一下帚豪，用的是一個(gè)葉片的例子。 注釋也是粗略...

前面測(cè)試了常見(jiàn)的人類(lèi)和小鼠的數(shù)據(jù)集草丧，但是我自己是做植物的狸臣。如果想要運(yùn)行pySCENIC，就需要去建立自己的數(shù)據(jù)庫(kù)方仿。關(guān)于這塊網(wǎng)上的資料固棚，我自己也是...

繼續(xù)跟著大咖們的步伐學(xué)習(xí)。（http://www.reibang.com/p/c47332b880aa[https://www.jianshu...

前面我們用自帶例子和人類(lèi)的pbmc數(shù)據(jù)測(cè)試了SCENIC的R版本的安裝和使用仙蚜。但是此洲，通常情況下runGenie3這一步，稍微大一點(diǎn)點(diǎn)的數(shù)據(jù)集委粉，運(yùn)...

今天測(cè)試另外一個(gè)經(jīng)典的人類(lèi)pbmc的數(shù)據(jù)呜师，是一個(gè)Seurat的對(duì)象。 #加載相關(guān)的包 library(SCENIC) library(SCope...

今天開(kāi)始測(cè)試SCENIC的安裝贾节，先測(cè)試一下R版本的汁汗。 先安裝一些必要的包。 ## Required BiocManager::install(c...