上面一個帖子幻林，我們已經(jīng)構(gòu)建了擬南芥轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的motif數(shù)據(jù)庫瑞你，今天我們隨便找了一個擬南芥的例子來看一下烛愧，用的是一個葉片的例子油宜。
注釋也是粗略做了一下，只做測試怜姿，不做質(zhì)量參考慎冤。
我們基于前面測試的python版本的腳本來運行。
=======第一步：轉(zhuǎn)化成loom文件=======
Rscript get_count_from_seurat.R -i arabidopsis.rds -s 200 -l out -a RNA
從而獲得out.loom和subset.rds文件沧卢。
=======第二步：運行pyscenic腳本=====
pyscenic_from_loom.sh -i out.loom -n 60? ? #我在一個大內(nèi)存節(jié)點上運行的蚁堤，機器性能小的，修改一下并行的線程個數(shù)
其中需要修改腳本里面的幾個庫文件但狭。
注：其中Athaliana.regions_vs_motifs.rankings.feather是上個帖子我們生成的擬南芥的motif文件披诗。Ath.TF.txt包含擬南芥所有TF的ID。Ath.motif.tbl是我根據(jù)下載的human的那個文件熟空，把motif的相關(guān)信息給替換成了擬南芥的。
修改庫文件
Ath.TF.txt
Ath.motif.tbl
最終獲得aucell.loom文件搞莺。
=========第四步：計算RSS=======
Rscript calcRSS_by_scenic.R -l aucell.loom -m metadata_subset.xls -c celltype -a RNA
最終可獲得前面可視化的那些圖片息罗。
比如：
regulon_activity_in_celltype
regulon_activity_in_sd_topgene_celltype
regulon_RSS_in_plotRSS_celltype
regulon_RSS_in_sd_topgene_celltype
regulons_activity_in_dotplot
regulons_RSS_celltype_in_dotplot
all_regulon_activity_in_allcells
all_regulons_activity_in_celltype
all_regulons_RSS_in_celltype
50_regulon_netplot
