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SNP數據的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 將 VCF 轉換為 arp 格式，定義population PGDspider軟件 2 導入Alrequin 并定義gr...
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Stairway-plot群體動態(tài)圖
一 首先用BayesScan刪除受選擇的位點1.輸入文件：PGDSpider將VCF 轉為GESTE/BayScan格式座韵，即下面的bates....
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Fst
vcftools計算Fst VCFTOOLS官網[http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html...
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雜合度
1 使用plink挑選個體 注意bsz.txt是要提取的樣本名，為兩列呐赡。
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遺傳多樣性參數計算
1 使用vcftool計算pi值 輸入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD過濾倾芝，若文件較大則過濾更好工作路徑：/home2/yl/abi/...
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snp數據PCA分析1.質控和LD過濾 1.1 質控:刪除信息缺失嚴重的個體和位點 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...
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PSMC分析有效群體大小（Ne）
1 軟件準備 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 數據準備 二倍體物種（該分析是結合雜合度來分析的）６┛颉析苫！ Re...
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plink計算近交系數
1.提取個體list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.計算近交系數 # 不能有mu...