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轉(zhuǎn)錄組分析(11) - GO/KEGG富集分析(3)
對于沒有Org.Db的非模式生物赋焕，由于某些原因不制作Org.Db耙厚，然后利用clusterProfiler做富集 數(shù)據(jù)格式 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 富集分析繪圖
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轉(zhuǎn)錄組分析(11) - GO/KEGG富集分析(1)
簡介 bioconductor介紹[http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignette...
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轉(zhuǎn)錄組分析(8) - 可變剪接
真核生物大部分基因含有內(nèi)含子强挫，轉(zhuǎn)錄完成后產(chǎn)生的mRNA前體需要經(jīng)過一系列復(fù)雜的加工，成為成熟的mRNA薛躬，轉(zhuǎn)移到細(xì)胞質(zhì)中才能發(fā)揮功能俯渤。可變剪接（A...
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轉(zhuǎn)錄組分析(7) - 比對
對比（Mapping）就是通過局部比對將短的reads定位到參考基因組上型宝，以共后續(xù)分析使用八匠。序列比對的過程包括：首先對參考基因組建立索引，建立索...
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轉(zhuǎn)錄組分析(5) - 無參轉(zhuǎn)錄組拼接(illumina)目的 NGS測序得到的短序列（read）存儲(chǔ)于Fastq文件趴酣，在經(jīng)過DNA建庫和測序之后梨树，文件中不同read之間的順序就全部丟失了。因此岖寞，F(xiàn)as...
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轉(zhuǎn)錄組分析(6) - 基因注釋目的 基因功能的注釋依賴于基因結(jié)構(gòu)或者序列抡四，將基因序列或蛋白序列和主流數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對獲取該基因的功能信息，最終對預(yù)測的編碼基因進(jìn)行功能注釋仗谆，從而...
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轉(zhuǎn)錄組分析(4) - 預(yù)處理目的 經(jīng)過fastqc進(jìn)行質(zhì)量控制之后指巡，我們能夠發(fā)現(xiàn)在fastq數(shù)據(jù)里存在著一些會(huì)影響下游分析的因素，包括adapter和低質(zhì)量reads等胸私。因...
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轉(zhuǎn)錄組分析(3) - 質(zhì)量控制目的 現(xiàn)在的NGS測序，以illumina為首基本都是運(yùn)用邊合成邊測序的技術(shù)鳖谈。堿基的合成依靠的是化學(xué)反應(yīng)岁疼，這使得堿基鏈可以不斷地從5'端一直往3...
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轉(zhuǎn)錄組分析(2) - 軟件安裝
conda環(huán)境創(chuàng)建 conda create -n py3 python=3.8conda create -n py2 python=2.7 數(shù)...