20篇文章 · 10683字 · 2人關(guān)注
-
生信筆記18-BWA的安裝和使用
簡(jiǎn)介 BWA办素，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool他膳。BWA 是一種能夠?qū)⒉町惗容^小的序列比對(duì)到一個(gè)較大的參考基因組上的...
-
生信筆記17-使用rGREAT進(jìn)行GREAT分析
GREAT(Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool)是一種廣泛使用的基因組區(qū)域功能富集工具...
-
生信筆記16-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：GSEA
參考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/373388304[https://zhuanlan.zhihu.com/p/3...
-
生信筆記15-從零開(kāi)始轉(zhuǎn)錄組上游分析（hisat2+ stringtie）
作為一個(gè)從沒(méi)有做過(guò)轉(zhuǎn)錄組上游分析的小白，以前都是直接用公司的數(shù)據(jù)萍恕，今天終于要自己動(dòng)手比對(duì)基因組了章郁！ 環(huán)境搭建 首先下載mamba，相對(duì)conda...
-
生信筆記14-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：WGCNAWGCNA是什么 WGCNA全稱為weighted gene co-expression network analysis制市，譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)...
-
生信筆記15-TCGA數(shù)據(jù)下載及生存分析
這里以食管癌（Esophageal carcinoma抬旺，ESCA）為例 首先使用R包TCGAbiolinks下載ESCA的數(shù)據(jù) 上述代碼運(yùn)行完畢...
-
生信筆記14-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：富集分析
clusterProfiler是進(jìn)行富集分析最常用的工具。在我們進(jìn)行差異分析得到很多差異基因之后祥楣，我們可以分別對(duì)上調(diào)的基因和下調(diào)的基因進(jìn)行差異分...
-
生信筆記13-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：差異分析
方法選擇 做差異分析需要的數(shù)據(jù)：表達(dá)矩陣和分組信息 當(dāng)表達(dá)矩陣為counts時(shí)开财，優(yōu)先使用edgeR汉柒；當(dāng)只有TPM時(shí)，TPM的分布接近芯片數(shù)據(jù)责鳍，使...
-
生信筆記12-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：PCA分析
第一步碾褂，對(duì)所有樣本進(jìn)行中心化 第二步，求特征協(xié)方差矩陣 第三步薇搁，求協(xié)方差矩陣的特征值和特征向量 第四步斋扰，將特征值按照從大到小的順序排序，選擇其中...
