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撥云見日——數(shù)據(jù)降維與可視化生物本身就是一個復(fù)雜的體系揪阶，我們必須使用多維數(shù)據(jù)來對之進行準確描述昨登，而這一點在生物信息學(xué)領(lǐng)域體現(xiàn)的尤為突出，以經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例： bulk ...
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聯(lián)合使用deeptools和自編R腳本分析鏈特異性數(shù)據(jù)不積跬步無以至千里 deeptools作為分析深度測序數(shù)據(jù)的一大利器，受到了廣泛的歡迎和關(guān)注讶坯，這一點從Github的星標數(shù)以及conda的安裝次...
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【技能】使用Python提取基因結(jié)構(gòu)bed文件
為了方便提取基因結(jié)構(gòu)，寫了一個簡單的Python腳本岗屏，支持提攘纠拧： exon intron UTR CDS start codon end cod...
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思考——為什么廣為人知的CUT&Tag沒有UMI的說法CUT&Tag 已經(jīng)介紹過了，是一種研究蛋白與DNA互作（以及捕獲DNA上特定特征）的組學(xué)技術(shù)这刷，具體的艱苦流程以及和傳統(tǒng)的ChIP-seq之間的...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析【一】：Data Check從本期開始婉烟，我將和 Qingdao University的pudding 一起分享RNA-seq從上游數(shù)據(jù)質(zhì)控到下游差異分析等內(nèi)容的全部流程，當(dāng)...
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技能——如何優(yōu)雅處理R循環(huán)中的error先看例子： 可以看到這個列表里面元素的數(shù)據(jù)類型分別為： 現(xiàn)在我們想求這個列表里面所有對象的對數(shù)值暇屋，代碼： 最后運行出來的log向量為： 可以看到...
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技能——如何判斷測序數(shù)據(jù)是否是鏈特異性
前面的帖子一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?[https://www.ji...
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技能——gtf轉(zhuǎn)為bed12
今天在使用 RseQC 時需要將參考基因組 GTF 文件轉(zhuǎn)換為 bed12 文件似袁，下面是記錄下來的方法： 用到的工具 UCSC 的 gtfToG...
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded昙衅、reverse-stranded扬霜、un-st...
