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scanpy 構(gòu)建假細(xì)胞 2024-11-22
python 將多個(gè)細(xì)胞的表達(dá)量合并成一個(gè)假細(xì)胞的表達(dá)量。
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Scanpy 計(jì)算DEG格式轉(zhuǎn)換 2024-09-05
用慣了Seurat計(jì)算DEGs鸠补，使用Scanpy進(jìn)行計(jì)算得到的格式會(huì)很不適應(yīng)，可讀性有點(diǎn)差颜说，因此可以使用以下函數(shù)進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換春哨，并且根據(jù)FC進(jìn)行了...
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單組火山圖和多組火山圖展示差異表達(dá)基因（DEGs） 2023-10-12前言 在各種RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中，我們幾乎都避不開(kāi)差異表達(dá)基因（DEGs）的分析趟大。我們可以用氣泡圖鹤树，提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表...
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使用clusterProfiler進(jìn)行基因集富分析兩個(gè)函數(shù)就夠了 2023-09-12背景 做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)，通過(guò)找差異基因可以得到很多基因集逊朽，一方面我們需要看這些基因集的相對(duì)表達(dá)量是否顯著上/下調(diào)罕伯，但我們往往更關(guān)注這些差異基...
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使用monocle3進(jìn)行擬時(shí)序分析（從Seurat對(duì)象開(kāi)始）2023-08-31適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時(shí)間序列的細(xì)胞譜系，往往需要進(jìn)行擬時(shí)序分析叽讳，而最最最常用的擬時(shí)序分析軟件就是Monocle追他，如今...
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單細(xì)胞Scanpy常用腳本2023-08-28
前言 Scanpy是基于Python語(yǔ)言的類(lèi)似Seurat的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析工具坟募，本文匯集了Scanpy的常規(guī)操作。 加載模塊和設(shè)置 讀入矩陣 ...
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使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（懶人版） 2023-05-18
背景介紹 WGCNA是權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析邑狸，是常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的重要分析內(nèi)容之一懈糯，能找到與表型相關(guān)聯(lián)的基因模塊，所謂基因模塊其實(shí)就是基...
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使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 2022-09-15共表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò)分析構(gòu)建假細(xì)胞的函數(shù) 畫(huà)網(wǎng)絡(luò)圖的函數(shù) 讀取數(shù)據(jù)并構(gòu)建假細(xì)胞推溃，需要選擇歸一化的矩陣昂利，故選擇data 構(gòu)建表型數(shù)據(jù)，即生成無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)類(lèi)...
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R語(yǔ)言保存單細(xì)胞矩陣的四種方法 2023-05-18
背景介紹 最近铁坎，一位師兄問(wèn)我有哪些輸出單細(xì)胞大數(shù)據(jù)矩陣的方法蜂奸，于是趁機(jī)整理了一下我平時(shí)遇到的保存單細(xì)胞矩陣的有關(guān)腳本，總共有四個(gè)方法硬萍，分別保存為...