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  • Python和R開啟多線程2024-09-05

    Python 控制多線程 Python的apply并行運(yùn)算pandarallel模塊 R 控制多線程

  • Scanpy 計(jì)算DEG格式轉(zhuǎn)換 2024-09-05

    用慣了Seurat計(jì)算DEGs,使用Scanpy進(jìn)行計(jì)算得到的格式會(huì)很不適應(yīng),可讀性有點(diǎn)差拿霉,因此可以使用以下函數(shù)進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換,并且根據(jù)FC進(jìn)行了...

  • 記錄shell常用操作 2024-08-19

    檢查文件是否存在 同步文件命令 創(chuàng)建數(shù)組和模糊搜索文件 標(biāo)準(zhǔn)打印內(nèi)容到指定文件 也可以直接使用echo 交互輸入?yún)?shù) 根據(jù)文本生成報(bào)告 簡易fo...

  • Resize,w 360,h 240
    單組火山圖和多組火山圖展示差異表達(dá)基因(DEGs) 2023-10-12

    前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中红碑,我們幾乎都避不開差異表達(dá)基因(DEGs)的分析幻梯。我們可以用氣泡圖算行,提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表...

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    使用clusterProfiler進(jìn)行基因集富分析兩個(gè)函數(shù)就夠了 2023-09-12

    背景 做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)刨仑,通過找差異基因可以得到很多基因集郑诺,一方面我們需要看這些基因集的相對(duì)表達(dá)量是否顯著上/下調(diào),但我們往往更關(guān)注這些差異基...

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    使用monocle3進(jìn)行擬時(shí)序分析(從Seurat對(duì)象開始)2023-08-31

    適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時(shí)間序列的細(xì)胞譜系杉武,往往需要進(jìn)行擬時(shí)序分析辙诞,而最最最常用的擬時(shí)序分析軟件就是Monocle,如今...

  • Linux 命令行和集群投遞任務(wù)小技巧匯總 2023-08-29

    背景 記錄一下平時(shí)使用Linux命令行和集群投遞任務(wù)的一些小技巧(包括.bashrc的配置)轻抱,后續(xù)將不斷補(bǔ)充飞涂。 配置命令行的風(fēng)格,可以根據(jù)自己的...

  • 單細(xì)胞Scanpy常用腳本2023-08-28

    前言 Scanpy是基于Python語言的類似Seurat的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析工具祈搜,本文匯集了Scanpy的常規(guī)操作较店。 加載模塊和設(shè)置 讀入矩陣 ...

  • 使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(懶人版) 2023-05-18

    背景介紹 WGCNA是權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,是常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的重要分析內(nèi)容之一夭问,能找到與表型相關(guān)聯(lián)的基因模塊泽西,所謂基因模塊其實(shí)就是基...

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