混合線性模型MLM：GLM模型中嘹害，如果兩個表型差異很大累提，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等），則那些與該表型無關的遺傳差異也會影響到相關性...

TASSEL利用固定效應線性模型來測試分離位點和表型之間的關聯(lián)体谒。該分析可以選擇使用指示基礎總體成員程度的協(xié)變量來考慮總?cè)航Y(jié)構(gòu)填抬。僅主效應模型是使用...

使用Q矩陣作為協(xié)變量使用emmax進行GWAS分析 數(shù)據(jù)準備 1.上個推文中vcf轉(zhuǎn)的tped文件snp_filter.mapsnp_filte...

介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel辆童。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準備 v...

全基因組關聯(lián)分析（GWAS） 全基因組關聯(lián)分析（Genome wide association study宜咒，GWAS）是對多個個體在全基因組范圍...

LD概念 連鎖不平衡(linkage disequilibrium, LD)也叫等位基因關聯(lián)故黑，是指不同座位的兩個等位基因出現(xiàn)在一條染色體上的頻率...

Structure分析 Structure分析使用了與進化樹和PCA截然不同的算法，所以能夠解決后兩者不能解決的問題庭砍。先預設群體由若干亞群(k=...

PCA PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析场晶，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降...