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孟德?tīng)栯S機(jī)化分析2: SMRSMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一個(gè)針對(duì)匯總數(shù)據(jù)的孟德?tīng)栯S機(jī)化方法砖第，可以基于GW...
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生信工具2: LiftOver人類(lèi)參考基因組（如 GRCh37 和 GRCh38）由國(guó)際基因組學(xué)研究社區(qū)定期更新，以改進(jìn)基因組的完整性和準(zhǔn)確性殊轴。每次更新可能會(huì)導(dǎo)致以下變化：?...
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孟德?tīng)栯S機(jī)化分析1: 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）1. 什么是連鎖不平衡（LD）叽躯？ 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium檩坚，LD）是指在基因組中，兩個(gè)或多個(gè)SNP（單核苷酸多態(tài)...
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R語(yǔ)言小記3：ENSG和基因symbol間的名稱轉(zhuǎn)換0. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（加載自己需要轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 發(fā)現(xiàn)存在一個(gè)ENS...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記6: 轉(zhuǎn)錄因子分析（SCENIC）轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識(shí)別崇猫、結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)沈条。其通過(guò)介導(dǎo)RNA聚合酶與...
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單細(xì)胞小記2：將h5ad格式轉(zhuǎn)化為seurat格式h5ad 是用于存儲(chǔ)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 軟件包诅炉。它基于 HDF5...
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單細(xì)胞小記1：將多個(gè)樣本的表達(dá)矩陣蜡歹，合并成seurat格式1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 2. 數(shù)據(jù)整合
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析4-1: 識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌癥和體細(xì)胞進(jìn)化中的選擇涕烧。該包包含量化錯(cuò)義月而、無(wú)義和必需剪接突變的 dN/dS ...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記5: 擬時(shí)序分析（monocle2)擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析澈魄，根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況通過(guò)擬時(shí)分析可...
