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chopper---過濾和質控你的測序reads
有些時候，我們得到的測序reads臭笆，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進行后續(xù)的組裝叙淌，例如：HiFi測序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡單很多愁铺，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下鹰霍，直接調用就行 怎...
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怎么去進行基因組的組裝有很多伙伴，都在進行基因組的組裝茵乱，但是具體需要干什么茂洒，從什么地方開始，下一步又應該做什么?并不是很了解瓶竭。我用下面一份流程圖來簡單的說一下获黔，整個基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個軟件，對我們組裝得到的contig數據進行染色體的掛載在验，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件玷氏。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測序讀數（如 PacBio 和牛津納米孔技術公司生產的讀數）的從頭組裝器。它適用于各種數據集腋舌，從小型細菌項目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C盏触，CHi-C）產生的測序數據的流程，用于對HiC數據進行質控（Q...
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基因組去冗余（二）在上一篇我們介紹了一種去冗余的方法http://www.reibang.com/p/f638ce6b7c8f,還有其他的基因組去冗余方法块饺，可以...
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基因組去冗余（一）
去冗余 一般我們在組裝簡單的基因組的時候是不需要去冗余的赞辩，像龍眼、花椰菜授艰、木瓜等都屬于簡單基因組辨嗽，組裝出來就可以進行下一步了，但是有些基因組是有...
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hifiasm（高質量組裝PicBio HiFi數據淮腾，同樣也是可以組裝T2T級別）hifiasm 如果你基因組是簡單的二倍體糟需，不復雜，不是高重復或者高雜合谷朝，測序數據還是PicBio HiFi數據洲押，選擇hifiasm進行組裝是個...