我們熟知，在特定情況下历涝，microRNA（miRNA）可以直接或間接激活和抑制基因表達(dá)。但是，尚沒(méi)有基于多組學(xué)的數(shù)據(jù)庫(kù)能夠證明對(duì)激活與抑制以及正常與癌癥狀況之間相互作用模式轉(zhuǎn)換的系統(tǒng)數(shù)據(jù)哄辣。今天我們?yōu)榇蠹彝扑]一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)miRactDB（miRNA與基因相互作用的數(shù)據(jù)庫(kù)），該數(shù)據(jù)庫(kù)是可以提供用于注釋miRNA與基因關(guān)系的通用平臺(tái)赠尾。miRactDB中涵蓋了TCGA力穗，CCLE和GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)，對(duì)miRNA與基因之間的相互作用及其在腫瘤和正常情況下跨組織類(lèi)型的生物學(xué)影響進(jìn)行了全面研究气嫁。

miRactDB為癌癥和基因組學(xué)界提供了獨(dú)特的資源当窗，可以在正常和癌癥患者不同樣品數(shù)據(jù)中分別進(jìn)行篩選，確定優(yōu)先級(jí)并合理化其miRNA與基因相互作用的候選對(duì)象寸宵。而且可能存在一小部分但至關(guān)重要的miRNA崖面，可深刻影響各種癌癥的標(biāo)志性過(guò)程元咙。相信這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)給正在進(jìn)行miRNA與基因作用研究和生物信息分析研究者帶來(lái)巨大的幫助。

miRactDB網(wǎng)址：

https://ccsm.uth.edu/miRactDB

1.點(diǎn)擊鏈接巫员，進(jìn)入miRactDB網(wǎng)站首頁(yè)

2.輸入想要研究的miRNA以及基因名稱(chēng)庶香，我們以研究has-mir-483與IGF2相關(guān)性為例。

3.點(diǎn)擊Search我們可以得到miRNA和基因的相關(guān)性简识，紅色代表具有正相關(guān)性赶掖，綠色代表具有負(fù)相關(guān)性，灰色代表不具有相關(guān)性七扰。

4.點(diǎn)擊左側(cè)的miRNA藍(lán)色鏈接奢赂，我們可以得到很多有關(guān)輸入的miRNA和基因的其他詳細(xì)信息，包括:miRNA結(jié)合位颈走、miRNA在不同癌癥中的表達(dá)情況膳灶、所輸入的基因IGF2的表達(dá)情況、miRNA與該基因的相關(guān)性立由、跨基因位點(diǎn)的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分轧钓、miRNA的臨床意義、輸入所研究基因的臨床意義拆吆、與該miRNA相關(guān)的藥物聋迎、與該基因有關(guān)的藥物、與該miRNA相關(guān)疾病枣耀、該基因相關(guān)疾病等等霉晕，可謂是十分全面了。

1）miRNA總結(jié)這個(gè)模塊顯示了顯著相關(guān)的miRNA的信息捞奕。除了顯示了miRNA的基本信息外還顯示了在TCGA泛癌中具有不同相關(guān)模式的基因列表牺堰。我們還可以點(diǎn)擊第一行藍(lán)色鏈接，可以直接進(jìn)入pubmed官網(wǎng)檢索到目前有關(guān)該miRNA與所選基因的相關(guān)研究颅围。

網(wǎng)站還可以根據(jù)Entrez的直接測(cè)定法（IDA）推斷該基因的參與的細(xì)胞功能伟葫。

2）篩選miRNA結(jié)合位點(diǎn)

我們還可以得到IGF2上的hsa-mir-483結(jié)合位點(diǎn)（啟動(dòng)子，CDS和3'UTR）有哪些院促。網(wǎng)站從GENCODE（版本30）下載了所有基因的編碼序列（CDS筏养，n = 20358），并提取了每個(gè)基因的TSS±2kb區(qū)域的序列常拓。并且從TargetScanHuman v7.2（miR_Family_Infor.txt）下載了miRNA家族信息渐溶，并提取了智人（n = 2064）的數(shù)據(jù)記錄。然后通過(guò)TargetScan提供的開(kāi)放式工具targetscan.pl掃描了所有基因的CDS和啟動(dòng)子區(qū)域上每個(gè)miRNA的潛在結(jié)合位點(diǎn)弄抬。掃描后進(jìn)行miRNA家族信息解析茎辐，并將這些家族映射到相關(guān)的單個(gè)miRNA上。

3）miRNA表達(dá)該類(lèi)別提供了與正常樣品具有不同miRNA表達(dá)水平的樣品之間差異表達(dá)的miRNA分析，我們可以觀察所選miRNA和該基因在三十多種癌癥和正常組織中的表達(dá)情況拖陆。

4）基因表達(dá)除了可以觀察miRNA的表達(dá)情況弛槐，該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了與正常樣品具有不同基因表達(dá)水平的樣品之間差異表達(dá)的基因分析。

5）miRNA-基因相關(guān)性

hsa-mir-483和IGF2之間的miRNA基因相關(guān)性研究

網(wǎng)站從TCGA數(shù)據(jù)門(mén)戶(hù)（https://portal.gdc.cancer.gov/）下載了miRNA和基因表達(dá)數(shù)據(jù)以及每種癌癥患者的生存信息依啰。由于樣本量小或平臺(tái)不一致乎串，網(wǎng)站排除了三種癌癥，包括FPPP速警，GBM和LAML灌闺。最終由1,046個(gè)miRNA和20,531個(gè)基因組成數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)架，基于31種TCGA癌癥類(lèi)型的8,375個(gè)患者樣本坏瞄，包含21,475,462個(gè)miRNA基因?qū)Α２⑶矣?jì)算了每個(gè)miRNA基因?qū)Γń?jīng)log2轉(zhuǎn)換）的Spearman相關(guān)性甩卓，并將顯著性標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置為| R |> 0.1鸠匀，Hochberg調(diào)整的p值<0.05∮馐粒可以讓使用者一鍵即可進(jìn)行泛癌分析缀棍。

使用不同正常組織數(shù)據(jù)進(jìn)行了散點(diǎn)圖繪制，其中miRNA和基因表達(dá)值之間具有回歸線以顯示相關(guān)性机错。

跨人類(lèi)癌細(xì)胞系（CCLE爬范，Spearman）的miRNA基因表達(dá)相關(guān)性：

6）跨基因位點(diǎn)的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分該數(shù)據(jù)庫(kù)使用改良的ROSE管道研究了圍繞每個(gè)miRNA和基因TSS的超級(jí)增強(qiáng)子形成概況。研究了來(lái)自ENCODE的跨越15種人體組織的64個(gè)樣本弱匪，量化了每個(gè)miRNA和基因區(qū)域中H3K27ac的ChIP-seq信號(hào)強(qiáng)度青瀑，計(jì)算了所有ENCODE樣品中所有miRNA和基因的超級(jí)增強(qiáng)子得分，并用條形圖繪制了每個(gè)miRNA /基因（跨樣品）萧诫，因此我們可以得到豐富的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分圖斥难。

7）此miRNA的臨床意義

該模塊會(huì)根據(jù)每種癌癥類(lèi)型的miRNA表達(dá)水平進(jìn)行患者生存數(shù)據(jù)研究，使用基于miRNA表達(dá)的對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)進(jìn)行生存分析帘饶，體現(xiàn)hsa-mir-483和IGF2的臨床意義哑诊。

8）與該基因有關(guān)的藥物

該表提供了與所研究miRNA和基因相關(guān)的已批準(zhǔn)的小分子藥物信息，包括藥物的名稱(chēng)及刻、編號(hào)镀裤、研究方法、實(shí)驗(yàn)條件缴饭、年份暑劝、對(duì)基因調(diào)節(jié)方式等等。

9）與該基因相關(guān)的疾病

該網(wǎng)站還會(huì)提供miRNA基因相關(guān)的疾病信息,不僅會(huì)顯示pubmed種相關(guān)疾病研究文章數(shù)量茴扁，還會(huì)顯示數(shù)據(jù)來(lái)源铃岔。

miRactDB是一個(gè)全面分析miRNA和基因相互作用的網(wǎng)站，對(duì)表觀遺傳的機(jī)制進(jìn)行了深入的研究與討論，包括鑒定基因編碼序列（CDS）啟動(dòng)子區(qū)域中的miRNA結(jié)合位點(diǎn)毁习。源自TCGA腫瘤和鄰近正常樣品所預(yù)測(cè)的生物學(xué)過(guò)程智嚷，與CCLE和GTEx的生物學(xué)過(guò)程完全不同。但預(yù)測(cè)靶向CDS和啟動(dòng)子區(qū)域的最活躍的miRNA高度相似纺且。在表型和組織學(xué)改變之前盏道，鄰近的正常組織可能已經(jīng)向致癌作用分子轉(zhuǎn)化。而且可能存在一小部分但至關(guān)重要的miRNA载碌，可深刻影響各種癌癥的標(biāo)志性過(guò)程猜嘱。該數(shù)據(jù)庫(kù)分析三十多種癌癥只需花費(fèi)幾秒鐘，不用編程代碼嫁艇，對(duì)于正在進(jìn)行生物信息分析的研究人員來(lái)說(shuō)是一個(gè)快速成文的絕佳工具朗伶，同時(shí)也可以為在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究的快速篩選靶點(diǎn)基因，趕快分享收藏吧步咪！