前面給零星的給大家介紹過一些miRNA相關(guān)的數(shù)據(jù)庫介汹,包括
1. miRBase數(shù)據(jù)庫介紹及miRNA數(shù)據(jù)下載
也給大家介紹過一些miRNA數(shù)據(jù)處理相關(guān)的內(nèi)容
3.R下載合并ENCORI miRNA靶基因數(shù)據(jù)
還給大家介紹過如何基于ENCORI數(shù)據(jù)庫和Targetscan數(shù)據(jù)庫里面的數(shù)據(jù),利用R來批量預測miRNA的靶基因,包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之間的調(diào)控關(guān)系罢浇。
1.R批量預測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-ENCORI篇
2.R批量預測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-TargetScan篇
可能有些小伙伴會覺得公眾號里面的內(nèi)容比較分散乒验,不夠系統(tǒng)搪缨。雖然批量預測的代碼逆趋,我寫了很詳細的注釋哮伟,可能還是有些小伙伴覺得理解起來有些費勁。所以我特地將miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)介紹和miRNA靶基因批量預測整理成了一個?線上課程陈肛。除了前面已經(jīng)講解過的miRBase揍鸟,ENCORI和targetscan這幾個數(shù)據(jù)庫,我還增加了另外一些常用的數(shù)據(jù)庫句旱,如mirTarBase蜈亩,miRcode。對ENCORI和targetscan這兩個數(shù)據(jù)也進行了更深入和細致的講解前翎。
對于R批量預測miRNA靶基因的代碼,也利用視頻進行了詳細的講解畅涂,方便大家理解港华。課程的詳細信息如下
這門課程一共包含13節(jié)課程,
1.第一節(jié)午衰,介紹miRBase數(shù)據(jù)庫立宜,以及如何從miRBase數(shù)據(jù)庫下載miRNA數(shù)據(jù)
2.第二節(jié),介紹miRTarBase數(shù)據(jù)庫
3.第三節(jié)臊岸,介紹miRcode數(shù)據(jù)庫
4.第四節(jié)橙数,介紹starbase(ENCORI)數(shù)據(jù)庫,以及利用starbase預測miRNA-mRNA之間調(diào)控關(guān)系
5.第五節(jié)帅戒,利用starbase預測miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之間調(diào)控關(guān)系灯帮,以及其他RNA-RNA之間相互調(diào)控關(guān)系,還有ceRNA網(wǎng)絡鑒定逻住。
6.第六節(jié)钟哥,介紹starbase的pancancer功能,如何畫基因表達箱型圖瞎访,生存曲線以及表達相關(guān)性散點圖
7.第七節(jié)腻贰,基于starbase所有的預測結(jié)果(已經(jīng)幫大家下載好了人和鼠的所有預測結(jié)果,可以直接使用)扒秸,利用R代碼批量預測miRNA-mRNA之間的調(diào)控關(guān)系
8.第八節(jié)播演,基于starbase所有的預測結(jié)果(已經(jīng)幫大家下載好了人和鼠的所有預測結(jié)果冀瓦,可以直接使用),利用R代碼批量預測miRNA-lncRNA写烤,miRNA-circRNA之間的調(diào)控關(guān)系
9.第九節(jié)翼闽,介紹Targetscan數(shù)據(jù)庫,如何查找miRNA的靶基因以及通過靶基因查找調(diào)控的miRNA
10.第十節(jié)顶霞,下載Targetscan預測結(jié)果以及注釋文件
11.第十一節(jié)肄程,基于Targetscan所有的預測結(jié)果,利用R代碼批量預測miRNA-mRNA之間的調(diào)控關(guān)系
12.第十二節(jié)选浑,windows下如何安裝R和Rstudio軟件
13.第十三節(jié)蓝厌,mac下如何安裝R和Rstudio軟件