mkdir -p ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
cd ~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/example/reads
1)統(tǒng)計reads_1.fq 文件中共有多少條序列信息
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p |wc -l
答案 10000
2）輸出所有的reads_1.fq文件中的標(biāo)識符(即以@開頭的那一行)
方法1
nl reads_1.fq|sed -n '/^@/p'
nl reads_1.fq|sed -n '/@*/p'
不太明白
grep '^@' reads_1.fq|less -SN |wc -l
grep '^@' reads_1.fq > 2.txt
方法2
- 輸出reads_1.fq文件中的 所有序列信息(即每個序列的第二行)
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p > seq.txt
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p
4）輸出以‘+’及其后面的描述信息(即每個序列的第三行)
grep '^+' reads_1.fq > 4.txt
方法2
nl reads_1.fq| sed -n '/+/p'
5）輸出質(zhì)量值信息(即每個序列的第四行)
nl reads_1.fq| sed -n 0~4p
- 計算reads_1.fq 文件含有N堿基的reads個數(shù)
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p | sed -n /N/p |wc -l
- 統(tǒng)計文件中reads_1.fq文件里面的序列的堿基總數(shù)
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p |-wc
答案 6429
8）計算reads_1.fq 所有的reads中N堿基的總數(shù)
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p | grep 'N' -c
9）統(tǒng)計reads_1.fq 中測序堿基質(zhì)量值恰好為Q20的個數(shù)
????
10）統(tǒng)計reads_1.fq 中測序堿基質(zhì)量值恰好為Q30的個數(shù)
????
11）統(tǒng)計reads_1.fq 中所有序列的第一位堿基的ATCGNatcg分布情況
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p | grep '^[ATCGNatcg]' -c
12）將reads_1.fq 轉(zhuǎn)為reads_1.fa文件(即將fastq轉(zhuǎn)化為fasta)
???
- 統(tǒng)計上述reads_1.fa文件中共有多少條序列
???
14）計算reads_1.fa文件中總的堿基序列的GC數(shù)量
nl reads_1.fq| sed -n 2~4p | grep '[G|C]' -c
15）刪除 reads_1.fa文件中的每條序列的N堿基
16）刪除 reads_1.fa文件中的含有N堿基的序列
- 刪除 reads_1.fa文件中的短于65bp的序列
18） 刪除 reads_1.fa文件每條序列的前后五個堿基
19）刪除 reads_1.fa文件中的長于125bp的序列
20）查看reads_1.fq 中每條序列的第一位堿基的質(zhì)量值的平均值
