linux 環(huán)境配置和conda的初步使用
參考公眾號—生信技能樹和生信星球
# miniconda3軟件下載成功
#-c 指的是斷點續(xù)傳
bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
# 遇到y(tǒng)es/no輸入yes鞭缭，其他直接enter搞定
source ~/.bashrc
conda --help
# miniconda2安裝成功疯搅，并成功配置好環(huán)境變量
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 配置鏡像成功
conda create -n rna python=2
# 創(chuàng)建小環(huán)境成功，并成功安裝python2版本
# 每建立一個小環(huán)境澳腹，都要裝一個python=2的軟件作為依賴
source activate rna
# 成功激活進(jìn)入小環(huán)境，即可安裝軟件
conda install -y fastqc
# 出現(xiàn)三個done,即表示安裝成功砰粹，否則重新提交命令
# install remove search update
fastqc --help
# 成功出現(xiàn)幫助文檔宋下，fastqc軟件安裝成功
conda install -y sra-tools
# 出現(xiàn)三個done,即表示安裝成功，否則重新提交命令
prefetch --help
# 成功出現(xiàn)幫助文檔渡蜻，sra-tools軟件安裝成功
# 安裝什么軟件术吝，并不等于調(diào)用什么命令--help
conda deactivate
# 成功退出rna小環(huán)境
# 或直接退出當(dāng)前賬戶```