使用MEGAX構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
先進行多序列比對踩萎，muscle, clustalW, 可參考文獻選擇一種
區(qū)別見：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-314266.html
再進行建樹执解，主要有NJ , ML 瑰步，可參考文獻選擇一種贵白，或者使用2者鎖定同一個結(jié)果衣吠。
建樹參數(shù)锰什，檢驗選1000罚随，模型可以先在MEGA 的MODELS 中 “find best DNA/protein models” 玉工，具有最低BIC分數(shù)（BayesianInformation Criterion）的模型被認為是最好地描述替代模式。但最佳模型是以ML找的淘菩，MEGA建樹時ML遵班、NJ提供的模型并不完全相同屠升，且有些組合模型沒有，所以看樹的情況吧
MEGAX步驟詳見：https://blog.csdn.net/weixin_43643082/article/details/84279196
導(dǎo)出newick格式狭郑，或者復(fù)制粘貼到txt
iTOL美化
幫助文檔 ： https://itol.embl.de/help.cgi
注冊賬號-登錄-創(chuàng)建項目-上傳樹文件或粘貼txt腹暖，點樹名稱頁面轉(zhuǎn)到美化界面，默認顯示成圓形
樹形狀的基本操作如是否顯示步長檢驗數(shù)值翰萨，是否顯示支長脏答，是否對齊ID等，根據(jù)自身需求設(shè)置亩鬼，略
最簡單的上色
【強烈建議】在help頁面下載模板和例子的壓縮包殖告，先使用例子里的樹和注釋文件做一遍
以#開頭的行都是注釋
第一行：注釋內(nèi)容title
第二行：設(shè)定分隔符（TAB，SPACE空格雳锋，COMMA逗號）
第三行：DATA
另起一行跟注釋的具體內(nèi)容黄绩，格式為 NODE_ID TYPE COLOR LABEL_OR_STYLE SIZE_FACTOR
NODE_ID：最外圍就是你的序列ID了，內(nèi)部的id鼠標單擊會彈出名稱
TYPE：（結(jié)合例子文件理解）
'range': defines a colored range (colored background for labels/clade)
'clade': defines color/style for all branches in a clade
'branch': defines color/style for a single branch
'label': defines font color/style for the leaf label
'label_background': defines the leaf label background color
COLOR：以#開頭的顏色值
LABEL_OR_STYLE：LABEL可以修改ID名稱玷过，STYLE設(shè)置格式如虛線
SIZE_FACTOR：大小
example
葉子背景上色
NODE_ID為上色范圍最早的分支爽丹；type為range
TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
I148 range #eeffee test1
I110 range #ddddff test2
clade上色
ID沒弄懂，歡迎解答
TREE_COLORS
SEPARATOR COMMA
DATA
9031|9606,clade,#0000ff,normal,2
601|340,clade,#ff0000,dashed,2
915|777,branch,#00ff00,dashed,10
9606|5664,branch,#00ff00,dashed,5
更簡單的方法辛蚊，可以直接點擊要上色的整個clade的粤蝎，node，彈出框選擇“color”-"set clade color"
最外圍加文字
文字較多嚼隘，只展示下DATA部分
ID用于定文字的位置；-1表示在最外圍
DATA
9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,0.2,0
4932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90
160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,2,90
2234,Archaea,-1,#0000ff,normal,2,-45
727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,0.5,0
在枝上加形狀標志
例子文件里的tol_symbol.txt系列
做好即時導(dǎo)出SVG袒餐，不訂閱無法保存飞蛹。
iTOL還有很多其他可視化
