??? 科研狗對美的追求是永無止境的譬挚。為了一張好看的實(shí)驗(yàn)結(jié)果圖顶掉,那是赴湯蹈火锁施,在所不惜淮悼。下面就跟大家介紹一個(gè)美化進(jìn)化樹的利器——iTOl咐低。本文主要向大家展示一下iTOL數(shù)據(jù)集注釋模板(類似配備文件,腳本袜腥,導(dǎo)入即出圖)的強(qiáng)大功能见擦。
???? 如何使用iTOL可以百度搜索,可以找到許多相關(guān)文章羹令。在下直接上iTOL強(qiáng)大的數(shù)據(jù)集注釋模板功能鲤屡。
???? 在iTOL的help-Annotating trees可以下載相關(guān)的數(shù)據(jù)集模板(如下圖,下載模板中也有相應(yīng)的樹文件福侈,可以一一使用酒来,來了解其功能)。
ITOL注釋文件(建議用Notepad++對模板進(jìn)行修改) 主要由三部分組成肪凛,一是每個(gè)注釋文件開頭的關(guān)鍵詞堰汉;二是列之間的分隔符類型(COMMA為逗號分隔,TAB為TAB鍵分隔伟墙,SPACE為空格分隔)衡奥;三為以DATA開頭的數(shù)據(jù)。 注釋文件開頭的關(guān)鍵詞主要有以下:
?a. TREE_COLORS:對樹枝上色远荠,分
clade矮固,
branch,
label,
range档址,
?b. LABELS 可以對標(biāo)簽重命名盹兢,也可以對branch進(jìn)行命名(branch用ID的表示方法為ID1|ID2)。
?c. POPUP_INFO 為鼠標(biāo)移動(dòng)到相應(yīng)位置會(huì)彈出指定信息守伸,對文章作圖較不重要绎秒。
d. DATA_ALIGNMENT 序列比對結(jié)果附在樹旁(詳細(xì)參數(shù)見模板)
e. DATASET_BINARY 具體作用不明,結(jié)果如下:
?f. DATA_BOXPOLT 為進(jìn)化樹與箱線圖尼摹。該圖需要的數(shù)據(jù)為(five number summary: minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum和所有極值)见芹。
?g. DATASET_COLORSTRIP 可以對分支顏色(加COLOR_BRANCHES 1參數(shù))和label外圍上色條。效果如下:
?h. DATASET_CONNECTION 數(shù)據(jù)格式:#NODE1,NODE2,WIDTH,COLOR,LABEL蠢涝,效果如下:
???????????????????????????????????????????????????????????????? (CURVE_ANGLE 45參數(shù))
?????????????????????????????????????????????????????????????????? (參數(shù):CENTER_CURVES 1)
i. DATASET_DOMAINS 效果如圖:
?j. DATASET_EXTERNALSHAPE (作用不明)
k. DATASET_GRADIENT
l. DATASET_HEATMAP
m. DATASET_IMAGE 附任何你想附的照片玄呛。
n. DATASET_LINECHART 附線圖
o. DATASET_MULTIBAR 條形圖
p. DATASET_PIECHART 派圖
小貼士:在畫一個(gè)大的進(jìn)化樹時(shí),盡量將字體等各項(xiàng)參數(shù)調(diào)小和二,最后出圖會(huì)更清晰徘铝。
有時(shí),存pdf時(shí)惯吕,會(huì)與存svg的圖像效果不一致惕它,目前沒有很好的解決辦法(不是辦法的辦法,不同電腦出圖效果不同废登,找到你想要的圖來保存)淹魄,路過大俠,敢情路見不平堡距,一聲吼揭北,不勝感激。