最近需要將ATAC-Seq生成的bw導(dǎo)入IGV查看peak的分布情況犁罩，但是一個(gè)個(gè)的將bw文件從服務(wù)器上下載到本地再傳到IGV里面太麻煩了，偶然間就看到了IGV官網(wǎng)上有一個(gè)叫做【igv.js】的東西两疚，這一下讓我想到了他可能和web服務(wù)多少有點(diǎn)關(guān)系床估，因此經(jīng)過(guò)我的探索，成功將igv搭建到了服務(wù)器上面诱渤，并且無(wú)需root丐巫，無(wú)需更改配置文件。
主要參考兩位大佬的文章：
【xuzhougeng】：【一個(gè)基于igv.js實(shí)現(xiàn)的python腳本勺美，實(shí)現(xiàn)簡(jiǎn)單的網(wǎng)頁(yè)版IGV】這篇文章實(shí)屬厲害递胧，能將igv轉(zhuǎn)換為自己的東西，想必是對(duì)igv-webapp了解的比較透徹励烦，我測(cè)試了他的igv_web.py腳本運(yùn)行順利谓着，因此大家可以一試泼诱，但我想大概率會(huì)報(bào)錯(cuò)坛掠，可以和我簡(jiǎn)信，我告訴你如何解決治筒，這里就不展開(kāi)了
【Davey1220】：【如何輕松打造個(gè)人專屬的IGV Browser】這篇文章可謂是一步一個(gè)腳印的搭建起來(lái)了web服務(wù)屉栓，不過(guò)需要root權(quán)限，主要就是Apache需要耸袜，igv-webapp倒是不需要友多。但還是話說(shuō)回來(lái)了，一個(gè)學(xué)生哪里來(lái)的root權(quán)限堤框？因此適用性較窄
效果預(yù)覽：
我們最后搭建出來(lái)的和官方的一模一樣域滥，這是官方鏈接可以點(diǎn)進(jìn)去看看：https://igv.org/app/
廢話結(jié)束，正題開(kāi)始
一蜈抓、下載 igv-webapp.1.5.5.zip
- 官網(wǎng)：https://igv.org/app-archive/启绰，不要再去github/gitee上克隆源碼了！９凳埂委可！
wget https://igv.org/app-archive/igv-webapp.1.5.5.zip
unzip igv-webapp.1.5.5.zip
cd igv-webapp.1.5.5/resources
mkdir data
cd ..
二腊嗡、使用python調(diào)用Web服務(wù)（無(wú)需root）
- 這真是我發(fā)現(xiàn)的寶藏功能着倾，感興趣的小伙伴可以去了解一下【SimpleHTTPServer】
#以下命令二選一
python3 -m http.server 7777
# python2 -m SimpleHTTPServer 7777
7777是端口號(hào)，因此在沖突的情況下會(huì)報(bào)錯(cuò)燕少，報(bào)錯(cuò)就換其他的端口卡者，比如說(shuō)8888,9999,11111等等
三、在windows下映射服務(wù)器端口
- 這也是絕技客们，參考我的這篇文章【生信 | Linux安裝jupyter notebook】
- 在windows下打開(kāi)DOS虎眨，輸入：
ssh -N -f -L localhost:7777:localhost:7777 -p 端口號(hào) username@遠(yuǎn)程地址
#locahost:7777是指本地地址蟋软，localhost:7777是指遠(yuǎn)程地址，其中7777是在linux我們?yōu)閕gv-webapp開(kāi)啟的端口
#-p 端口號(hào) username@遠(yuǎn)程地址是什么后面的看下面截圖
#例如：
ssh -N -f -L localhost:7777:localhost:7777-p 22 yuanf@114.212.169.49
#這時(shí)候輸入yes嗽桩，DOS讓輸入密碼岳守，這個(gè)密碼是我們登錄liunx賬戶的密碼
四、 打開(kāi)瀏覽器碌冶，地址欄輸入以下內(nèi)容即可訪問(wèn)IGV Web
localhost:7777
五湿痢、如何實(shí)時(shí)導(dǎo)入服務(wù)器上的bam/bw或其他文件？扑庞？譬重？
- 這其實(shí)才是大家關(guān)心的，也是我關(guān)心的罐氨！我們不需要再麻煩的配置文件了臀规，因?yàn)槲覀兛梢酝ㄟ^(guò)左上角的【Tracks】==》》【URL】直接導(dǎo)入服務(wù)器中的文件
