《ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)》
內(nèi)容提綱：
第一章淘捡、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
第二章眷篇、軟件安裝
第三章冒萄、數(shù)據(jù)下載與提取
第四章臊岸、差異分析
第五章、差異lncRNA與差異miNRA比對(duì)
第六章宦言、DEmiRNA靶基因預(yù)測(cè)
第七章扇单、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
第八章、構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)
第九章奠旺、生存分析
1蜘澜、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
美國(guó)政府發(fā)起的癌癥和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas，TCGA）計(jì)劃响疚，試圖通過(guò)應(yīng)用基因組分析技術(shù)鄙信，特別是采用大規(guī)模的基因組測(cè)序，將人類全部癌癥（近期目標(biāo)為50種包括亞型在內(nèi)的腫瘤）的基因組變異圖譜繪制出來(lái)忿晕，并進(jìn)行系統(tǒng)分析装诡，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異，了解癌細(xì)胞發(fā)生践盼、發(fā)展的機(jī)制鸦采，在此基礎(chǔ)上取得新的診斷和治療方法，最后可以勾畫出整個(gè)新型“預(yù)測(cè)癌癥的策略”咕幻。
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)包括豐富的數(shù)據(jù)類型和腫瘤類型渔伯，不需要任何費(fèi)用即可獲取大量數(shù)據(jù)，其次在TCGA下載的數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過(guò)前期繁瑣的標(biāo)準(zhǔn)化處理肄程，節(jié)省了人工處理時(shí)間和資源锣吼。
ceRNA簡(jiǎn)介
ceRNA（competing endogenous RNAs，內(nèi)源競(jìng)爭(zhēng)RNA）假說(shuō)揭示了一種RNA間相互作用的新機(jī)制蓝厌。
已知microRNA可以通過(guò)結(jié)合mRNA導(dǎo)致基因沉默玄叠，而ceRNA可以通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合microRNA來(lái)調(diào)節(jié)基因表達(dá)。ceRNA可以通過(guò)應(yīng)答元件與microRNA結(jié)合從而影響microRNA導(dǎo)致的基因沉默拓提，這揭示了一條RNA->microRNA調(diào)節(jié)通路的存在读恃，具有重大生物意義。
lncRNA是長(zhǎng)度大于200bp代态，不編碼蛋白質(zhì)的內(nèi)源性RNA分子狐粱。近年來(lái)的研究表明，lncRNA可以作為一種競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA）吸附miRNA胆数，參與靶基因的表達(dá)調(diào)控，從而在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要的作用互墓。
近年來(lái)越來(lái)越多的證據(jù)表明必尼，lncRNA與miRNA及其下游靶基因之間的相互調(diào)控模式與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，已成為腫瘤研究領(lǐng)域的一大熱點(diǎn)。miRNA作為一個(gè)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的重要因子判莉，其活性可被lncRNA通過(guò)“海綿”吸附的方式調(diào)控豆挽，此類lncRNA又被成為競(jìng)爭(zhēng)內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）券盅。LncRNA作為ceRNA競(jìng)爭(zhēng)性地與miRNA結(jié)合帮哈，從而調(diào)節(jié)編碼基因的蛋白質(zhì)水平，參與調(diào)控細(xì)胞的生物學(xué)行為锰镀。然而對(duì)于在腫瘤中發(fā)揮ceRNA功能的lncRNA目前仍知之甚少娘侍。
lncRNA參與ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的作用機(jī)制理論下，任何具有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的RNA種類都可以結(jié)合miRNA泳炉，從而以ceRNA的模式發(fā)揮作用憾筏。ceRNA構(gòu)建了一個(gè)復(fù)雜的作用網(wǎng)絡(luò)，正常生理狀態(tài)下ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的各種分子之間處于一定的平衡狀態(tài)花鹅，一旦平衡被打破就會(huì)導(dǎo)致疾病的發(fā)生氧腰。miRNA在ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)里發(fā)揮著核心作用，通過(guò)與靶mRNA結(jié)合刨肃，起到負(fù)性調(diào)控的作用古拴。
