一.獲取安裝包
1.通過鏈接下載
- 在Linux中輸入以下命令
#wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
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a1.PNG
a1.PNG
2.解壓下載的壓縮包
- 在Linux中輸入以下命令
unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/
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a2.PNG
a2.PNG
3.賦予執(zhí)行fastqc文件的權(quán)限
chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc
a3..PNG
4.修改環(huán)境變量
- 在Linux下執(zhí)行下列命令
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc #修改環(huán)境變量
source ~/.bashrc #重新執(zhí)行環(huán)境變量
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a4.PNG
a4.PNG
5.查看是否安裝成功
(1)在沒有設(shè)置環(huán)境變量前，查看是否安裝成功需要加上路徑
~/Biosofts/FastQC/fastqc -h
b1.PNG
(2)在設(shè)置好環(huán)境變量后，可直接用"軟件名 -h"查看是否安裝成功
fastqc -h
b2.PNG
(3)查看版本號"軟件名 --version"
fastqc --version
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b3.PNG
b3.PNG
二.fastqc評價測試數(shù)據(jù)質(zhì)量
1.fastqc評價測試數(shù)據(jù)質(zhì)量
- 使用fastqc評價Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz文件并且通過-o命令把結(jié)果放到根目錄下
fastqc /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz -o ~
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fastqc4.PNG
fastqc4.PNG
2.下載文件筒繁，在windows查看結(jié)果
(1)點擊refresh folder(更新文件夾)鍵
a1.png
(2)找到這兩個文件進(jìn)行下載即可查看fastqc評價測試數(shù)據(jù)質(zhì)量的結(jié)果
a2.png
運行結(jié)束后生成兩個文件酒贬，一個.html網(wǎng)頁文件，一個是.zip壓縮文件竞端，只看html網(wǎng)頁文件就可以。
