Linux初窺
Linux與Windows對比
Linux安裝軟件
安裝包安裝：
- rpm格式包：在紅帽Linux徽龟、SUSE、Fedora可以直接進行安裝唉地，但在Ubuntu中卻無法識別
- deb格式包：是Ubuntu的專利据悔，在Ubuntu中雙擊deb包就可以進入自動安裝進程
- tra.gz格式包：在所有的Linux版本中都能使用（最麻煩！Ｔ耪印极颓！）
源代碼安裝：
https://blog.csdn.net/liupeifeng3514/article/details/79054510
CONDA安裝：
- conda:通用包管理系統(tǒng)（儲存?zhèn)}庫），自己可從中選取下載
- miniconda：只包含最基本的Python和conda（生信基本都用這）
- anaconda：預(yù)裝conda耕拷，很多包讼昆，某個版本Python等等工具
以安裝miniconda為例：
查看版本信息.png
下載方式：
1.官網(wǎng)下載：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
官網(wǎng)下載
- 清華大學(xué)開源軟件鏡像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
鏡像來源
安裝方式：
wget命令：wget [參數(shù)] [URL地址] 相當于從官網(wǎng)遠程下載軟件
wget.png
安裝時出現(xiàn)Enter按Enter，出現(xiàn)more一直按Enter直到出現(xiàn)yes/no 輸入yes
安裝成功.png
關(guān)鍵Ｉ铡！闰围！一定記得激活Ｔ甙怼！羡榴！
source命令： source命令也稱為“點命令”碧查，也就是一個點符號（.）。source命令通常用于重新執(zhí)行剛修改的初始化文件，使之立即生效忠售，而不必注銷并重新登錄传惠。
source ~/.bashrc激活軟件
運行成功.png
配置鏡像
conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢稻扬，因此配置鏡像卦方，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度泰佳。
#配置清華大學(xué)鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用miniconda下載軟件：
conda list 查看conda下所有軟件
安裝fastqc為例
conda search fastqc
搜索質(zhì)控軟件.png
安裝命令
conda install fastqc -y
安裝fastqc.png
移除命令conda remove fastqc -y
卸載軟件
環(huán)境變量:
不同軟件有不同環(huán)境變量
conda工作環(huán)境.png
分身運行環(huán)境.png
conda學(xué)習(xí).png
