利用STAR完成了reads的比對派继，接下來使用rsem進行轉錄本定量。
Build References
rsem-prepare-reference --gtf mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf \
mouse_ref/mm10.fa \
mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref
?--gtf mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf：輸入基因組注釋文件
?mouse_ref/mm10.fa ：輸入基因組文件
?mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref：當前位于rnaseq/目錄下捻艳，在rnaseq/下創(chuàng)建了文件夾臭增，mouse_RSEM_ref用以存放生成的文件屏箍，且索引名稱為mouse_RSEM_ref
過程演示
生成的文件
[圖片上傳中...(image.png-82e463-1618031326563-0)]
Calculate expression
rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 \
STAR_OUT/Y43_STAR_out/Y43_Aligned.toTranscriptome.out.bam mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref rsem_out/Y43
?--paired-end：表示輸入的數(shù)據(jù)為雙端測序數(shù)據(jù)
?-no-bam-output：不輸出BAM文件
?--alignments：輸入文件為BAM文件
?-p 8：線程數(shù)為8
?STAR_OUT/Y43_STAR_out/Y43_Aligned.toTranscriptome.out.bam：運行完STAR后生成的reads比對至轉錄本的BAM文件
?mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref ：索引名稱及其位置
?rsem_out/Y43：生成的文件將以Y43作為前綴，這些文件位于rnaseq/rsem_out/目錄下
過程演示
生成了一個.stat文件夾和兩個.results文件，查看 Y43.isoforms.results
遇到的問題
?--alignments -p 8 必須和-no-bam-output在同一行九默，否則就跑不出來
無效的參數(shù)個數(shù)！
