CNCB(China National Center for Bioinformation纵苛,國家生物信息中心)铣卡,對(duì)標(biāo)的NCBI奢赂,對(duì)國內(nèi)研究者來說铺厨,數(shù)據(jù)上傳跟下載方便的多缎玫,現(xiàn)在國內(nèi)越來越多的數(shù)據(jù)都上傳到該數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫有自主開發(fā)的下載軟件Edge turbo解滓,支持linux版本赃磨,小編試了一下,下載速度達(dá)到10Mb/s洼裤。
系統(tǒng)要求
Linux 內(nèi)核版本 :3.10.0 及以上邻辉,推薦使用 4.15 以上的版本;
操作系統(tǒng)版本 :CentOS7.2 及以上、Ubuntu 14 及以上值骇,以及其它滿足上莹菱,述內(nèi)核版本要求的主流 linux 操作系統(tǒng)版本;
硬件 :64 位 CPU吱瘩、2G 以上內(nèi)存芒珠,推薦 4G 以上內(nèi)存
網(wǎng)絡(luò) :有外網(wǎng)訪問權(quán)限,防火墻對(duì) UDP 報(bào)文無限制
(1)下載安裝
wget https://ngdc.cncb.ac.cn/ettrans/download/edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz
tar -zxvf edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz #解壓即安裝
echo 'PATH="PATH/edgeturbo-client:$PATH"' >>~/.bashrc #添加環(huán)境變量
(2) 原始數(shù)據(jù)下載
copy鏈接后搅裙,可以進(jìn)行下載
edgeturbo start #啟動(dòng)下載客戶端
edgeturbo download /gsa/CRA004587 L/PATH #將CRA004587下的數(shù)據(jù)下載到自己的路徑皱卓,這個(gè)會(huì)下載整個(gè)CRA004587下的數(shù)據(jù)
或者直接使用ftp下載:
wget -c -r -np -k -L -p ftp://download.big.ac.cn/gsa/CRA003117/CRR175821