關(guān)于bioconda,miniconda,conda,anaconda的區(qū)別

三個(gè)月前在剛剛接觸linux的時(shí)候卫旱,經(jīng)常需要借助conda人灼,miniconda,bioconda,anaconda去安裝一些軟件,那么是否真正理解這些相似名稱(chēng)的區(qū)別是什么嗎顾翼?下面投放,我們一起來(lái)看一看,如果我的闡述有錯(cuò)誤适贸,請(qǐng)各位大佬在評(píng)論區(qū)批評(píng)指正灸芳,共同進(jìn)步!

一拜姿、了解Conda, Anaconda, Miniconda烙样,Bioconda
1、Anaconda:

①Anaconda是一個(gè)開(kāi)源的Python發(fā)行版本蕊肥,包含了conda谒获、python等180多個(gè)科學(xué)包及其依賴(lài)項(xiàng)。
②相當(dāng)于一堆科學(xué)計(jì)算常用包晴埂,重量級(jí)

2究反、Miniconda:

①通過(guò)以上對(duì)Anaconda的介紹,我們了解到Anaconda的數(shù)據(jù)包和和安裝包都很大儒洛,所以如果我們需要較少的時(shí)間去做 這樣的事情精耐,就是Miniconda的登場(chǎng)!
②Miniconda是最小的conda安裝環(huán)境琅锻,相當(dāng)于conda+python+pip卦停,輕量級(jí)

3向胡、conda:

①Conda 是一個(gè)開(kāi)源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng),用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴(lài)關(guān)系惊完,并在它們之間輕松切換僵芹,是通用的包管理器,能裝pip包(例如numpy)小槐,也能裝其他語(yǔ)言的軟件包(例如ninja, cmake).
②我們也可以把conda理解為一個(gè)360軟件管家拇派,但是conda是虛擬形式展現(xiàn)的

4、Bioconda:

①首先凿跳,看一下conda的安裝命令:

$ conda install -c <channel> <software>

②其中件豌,channel就是我們經(jīng)常說(shuō)道的鏡像,那么bioconda其實(shí)就是代表鏡像的含義控嗜。即:Bioconda是conda軟件包管理器的一個(gè)鏡像茧彤,專(zhuān)門(mén)從事生物信息學(xué)軟件;
③conda可以給我們提供一個(gè)獨(dú)立的環(huán)境,相當(dāng)于python的virtualenv

通過(guò)推文疆栏,我了解到如果你正在學(xué)習(xí)或者使用Python曾掂,那么強(qiáng)烈建議你使用miniconda/anaconda而不是系統(tǒng)自帶Python/pip,雖然硬盤(pán)空間可能多消耗一些壁顶,但往往能節(jié)省在環(huán)境配置上的時(shí)間開(kāi)銷(xiāo)珠洗。

二、Miniconda和Anaconda有何關(guān)聯(lián)博助?

功能角度:Anaconda=Miniconda
大小角度:Anaconda > Miniconda
功能多少:Anaconda > Miniconda

三险污、Conda和Bioconda有何關(guān)聯(lián)?

A富岳、實(shí)現(xiàn)Conda的渠道:Bioconda
B蛔糯、類(lèi)型差異:
①Conda是一個(gè)管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)
②Bioconda是一個(gè)channel

四、總結(jié)Conda的常用命令

更新指定軟件:

conda update 軟件名

卸載指定軟件:

conda remove 軟件名

創(chuàng)建環(huán)境

conda create -y --name wes python=3

查看系統(tǒng)中已有的環(huán)境

conda info -e 
conda env list

刪除某個(gè)環(huán)境(名為name的環(huán)境)

conda remove -n name --all

參考:
http://www.reibang.com/p/9ce5f3c3af99
https://www.cnblogs.com/zjutzz/p/11871266.html

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