1. BWA比對(duì)fastq測(cè)序序列
bwa mem -t 16 /xxx/database/reference/bwaind_ucschg19/hg19.fa -M xxx_R1.fastq.gz xxxx_R2.fastq.gz > xxx.sam
samtools view -bS xxx.sam > xxx.bam
samtools sort xxx.bam -o xxx.sort.bam
samtools index xxx.sort.bam
2. blastn比對(duì)序列
第一步妒峦，構(gòu)建序列數(shù)據(jù)庫(kù)
makeblastdb -in ref.fa -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out xxx
ref.fa為參考基因組序列，其格式為：
>D1
ATCGATCG
>D2
GCTATACG
第二步摊唇，比對(duì)
blastn -query seq.fa -db xxx -evalue 1e-5 -num_threads 10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6 -out result.txt
-query為待比對(duì)的序列文件
-db為參考基因組序列的位置
