作者阿弃，Evil Genius
現(xiàn)在高精度的空間平臺(tái)慢慢成為了空間分析的主流了诊霹，所以我們需要更新分析的流程和內(nèi)容了，已經(jīng)更新了很多了渣淳，但還是不夠畅哑。
今天我們需要更新的是，高精度平臺(tái)（單細(xì)胞級(jí)別的空間數(shù)據(jù)）的時(shí)空通訊動(dòng)態(tài)水由。
一些空間分析的常識(shí)
1荠呐、組織內(nèi)鄰近的細(xì)胞通過配體-受體信號(hào)相互作用進(jìn)行交流赛蔫。
2、細(xì)胞信號(hào)是基于一個(gè)簡(jiǎn)單的見解泥张，即信號(hào)是當(dāng)配體和受體在近距離表達(dá)時(shí)呵恢，在特定組織位置發(fā)生的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。
3媚创、單細(xì)胞通訊的分析方法（ CellPhoneDB, CellChat, NicheNet, SingleCellSignalR）有明顯的缺陷渗钉，(1)它們不包含關(guān)于細(xì)胞空間接近度的信息；(2)他們推斷細(xì)胞群之間的信號(hào)傳導(dǎo)钞钙，而不是單細(xì)胞的分辨率鳄橘。
4、信號(hào)從根本上歸結(jié)為在組織中特定位置發(fā)生的配體和受體之間的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用芒炼。相互作用發(fā)生的位置反過來又由細(xì)胞周圍的完整空間微環(huán)境決定瘫怜；細(xì)胞在相互作用之前不會(huì)檢查其他細(xì)胞的“類型”。
5本刽、細(xì)胞-細(xì)胞通訊研究的另一個(gè)關(guān)鍵挑戰(zhàn)是驗(yàn)證真實(shí)組織中推斷的信號(hào)活動(dòng)鲸湃。以前的方法通常只依賴于計(jì)算驗(yàn)證，因此不能令人信服地證明它們?cè)谡鎸?shí)組織環(huán)境中的準(zhǔn)確性和適用性子寓。
分析思路暗挑、空間單細(xì)胞分辨率下識(shí)別信號(hào)相互作用的位置和動(dòng)力學(xué)
細(xì)胞信號(hào)的關(guān)鍵思想是配體-受體信號(hào)從根本上是由發(fā)生在特定組織位置的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用驅(qū)動(dòng)的。
當(dāng)所有必需的配體和受體成分在近距離空間內(nèi)表達(dá)時(shí)斜友，這種相互作用就會(huì)發(fā)生炸裆。
接觸依賴相互作用要求細(xì)胞在組織中直接相鄰
依賴擴(kuò)散的相互作用可以影響不直接靠近源細(xì)胞的細(xì)胞，但信號(hào)強(qiáng)度仍然取決于空間接近度（200??m）鲜屏。
識(shí)別信號(hào)強(qiáng)度的空間梯度
Slide-seq數(shù)據(jù)中檢測(cè)空間分辨信號(hào)相互作用晒衩、空間梯度和信號(hào)相關(guān)基因
Stereo-seq數(shù)據(jù)的運(yùn)用
原位數(shù)據(jù)的運(yùn)用
10X Visium, Seq-Scope, MERFISH等數(shù)據(jù)的運(yùn)用
識(shí)別信號(hào)活動(dòng)的時(shí)空動(dòng)態(tài)
