PTM/Processing 提供蛋白質(zhì)翻譯后修飾或翻譯后加工的相關(guān)信息滨嘱。
expression 提供了基因在mrna? 水平上的表達(dá)信息楚昭，或者在細(xì)胞中蛋白質(zhì)水平上的表達(dá)信息如庭，或者在不同器官組織中的表達(dá)信息碰煌。
interaction 提供了蛋白質(zhì)之間相互作用的信息舒岸。
structure 提供蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)信息。
family domains 提供蛋白質(zhì)及結(jié)構(gòu)域信息芦圾。
sequence 序列信息蛾派，，个少，異構(gòu)體洪乍，可下載
PDB文件，文本文件夜焦，3D結(jié)構(gòu)
Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族的集合壳澳。識(shí)別出蛋白質(zhì)中的結(jié)構(gòu)域?qū)τ诹私獾鞍踪|(zhì)的功能有重要意義。search來(lái)匹配結(jié)構(gòu)域茫经。
CATH重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)巷波。蛋白質(zhì)被分為四種，C A T B 卸伞。
SCOP也是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)抹镊，但SCOP注重蛋白質(zhì)進(jìn)化方面的分類(lèi)。（搜索PDB結(jié)構(gòu)）
專(zhuān)用數(shù)據(jù)庫(kù)荤傲，KEGG 簡(jiǎn)稱(chēng)京都基因組百科全書(shū)垮耳。代謝通路。每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)化合物遂黍，連線代表反應(yīng)终佛。
序列比對(duì)，妓湘，查蓉，替換記分矩陣（Substitution Matrix）: 反應(yīng)殘基之間相互替換率的矩陣，它描述了殘基兩兩相似的量化關(guān)系榜贴。分為DNA替換記分矩陣和蛋白質(zhì)替換記分矩陣豌研。
比較序列相似度：打點(diǎn)法：對(duì)角線及對(duì)角線的平行線都是相似序列。唬党。鹃共。在線打點(diǎn)器可能需要安裝java
序列比對(duì)法：Needleman-Wunsch算法。
在線雙序列比對(duì)驶拱，? EMBL-EBI?
輸入fast格式文件霜浴。gap open(gap開(kāi)頭)? gap extend（gap 延長(zhǎng)）一般設(shè)置開(kāi)頭分高，延長(zhǎng)分低蓝纲。這種設(shè)置的緣由是在連續(xù)的序列里阴孟，打開(kāi)一個(gè)口子的代價(jià)大晌纫。
如果有不同的預(yù)期，如下兩種情況：
1永丝，要比對(duì)的序列相似锹漱，期中一條結(jié)構(gòu)已知，比對(duì)慕嚷，
2哥牍，絕大部分相似，但期中一個(gè)的功能區(qū)序列缺失了喝检。
全局比對(duì)中比對(duì)不好的在局部比對(duì)中被省略嗅辣。（有時(shí)，序列并不同源挠说，只是有相似的功能區(qū)，這時(shí)最好用局部序列比對(duì)。）
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：快速在數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找相似序列。用一條序列拧咳，與數(shù)據(jù)庫(kù)中所有的序列一一進(jìn)行雙序列比對(duì)，尋找相似序列阅签。
BLAST 原理是找片段對(duì)。
Blastx 將核酸序列按6條鏈翻譯成蛋白質(zhì)序列后搜索蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（因?yàn)椴⒉恢獜哪莻€(gè)堿基開(kāi)始翻譯养交，索性把三種情況都試一遍碎连，因?yàn)楹怂阈蛄杏锌赡苁腔パa(bǔ)鏈廉嚼，所以有6種前鹅，而不是3種）。這樣做的原因是核酸序列庫(kù)和蛋白質(zhì)序列庫(kù)并不全面捂寿，或者有時(shí)需要的本來(lái)就是蛋白質(zhì)序列。
blast雖然速度快驳概，但犧牲了精確度，不會(huì)落下高度相似的序列稚照，但相似度低的會(huì)被落下。這時(shí)可以選擇PSI BLAST（標(biāo)黃的搜索是新搜到的序列弱恒，下一輪搜索會(huì)作為比對(duì)序列來(lái)搜索。）
PHI-BLAST 用正則表達(dá)式來(lái)搜索琉苇。
smartblast 精確抡诞，懶人專(zhuān)用，直接輸入序列。
多序列比對(duì)：找功能區(qū)源哩，見(jiàn)電腦儲(chǔ)存圖片
多序列比對(duì)結(jié)果，一列全部相同底下一個(gè)*，若大致相似屉栓，有相似的，親疏水性，大小相似則：? 有不想似的則.? 若完全不同則無(wú)。
在EMBL-EBI 的Clustal Omega 里比對(duì)完后，點(diǎn)Result Summary 選擇Percent identity Matrix 可以查看各個(gè)序列間的相似度。
TCOFFEE? 多序列比對(duì)。
jalview? 比對(duì)結(jié)果修飾（重點(diǎn)）http:/www.jalview.org
多序列比對(duì)，尋找重要位點(diǎn)镶摘，保守區(qū)域碌冶。
序列標(biāo)識(shí)圖
MEME 幫助我們尋找序列中的特定片段，也可以對(duì)找到的特定片段搜索數(shù)據(jù)庫(kù)罐氨。
PRINTS 蛋白質(zhì)指紋圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)约啊。（蛋白質(zhì)重要基序佣赖，可以查看3維結(jié)構(gòu)恰矩。）重點(diǎn)≡鞲颍可以搜索相似蛋白外傅。
研究進(jìn)化，最確鑿的證據(jù)俩檬，生物化石萎胰，解剖
分子進(jìn)化。
系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)棚辽，有根技竟，無(wú)根
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)需要兩個(gè)軟件對(duì)比。
MEGA? 要構(gòu)建更好的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)屈藐，必須學(xué)會(huì)至少3個(gè)參數(shù)的設(shè)置：test of phylogeny :
No. of bootstrap Replication(步長(zhǎng)檢驗(yàn))：（檢驗(yàn)次數(shù)）? 在每個(gè)節(jié)點(diǎn)出都會(huì)有一個(gè)百分?jǐn)?shù)榔组，指定次數(shù)次計(jì)算所得出的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中，有百分之多少棵樹(shù)中有這一節(jié)點(diǎn)联逻。一般絕大多數(shù)節(jié)點(diǎn)上的數(shù)值大于百分之70的樹(shù)才可信搓扯。
Substitution Model(計(jì)算遺傳距離時(shí)使用的計(jì)算模型)?
Gaps/Missing Date Treatment (刪除多序列比對(duì)中含有空位的鏈)
Original Tree 是原始檢驗(yàn)中其中的一棵樹(shù)（樹(shù)枝長(zhǎng)度可以精確代表遺傳距離。）包归， Bootstrap consensus tree 是合并后的結(jié)果锨推。
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與分析。
一級(jí)結(jié)構(gòu)，氨基酸序列
二級(jí)結(jié)構(gòu)爱态，周期性的結(jié)構(gòu)構(gòu)象：DSSP文件
PDB網(wǎng)站獲取蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)谭贪，輸入PDB ID
預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)網(wǎng)站：PSIPRED
三級(jí)結(jié)構(gòu)，整條多肽鏈的三維空間結(jié)構(gòu)
四級(jí)結(jié)構(gòu)锦担，多個(gè)亞基形成的復(fù)合體結(jié)構(gòu)
今天用licorice whole genome關(guān)鍵詞搜索NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)俭识，搜到了abrus precatorius，貌似是什么相思豆洞渔，土甘草套媚，不管了，搜不到甘草的全基因組磁椒。用關(guān)鍵詞? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? self-incompatibility搜了自交不親和基因堤瘤。
