Linux 入門--軟件安裝
首先安裝conda，這是個(gè)相當(dāng)于linux系統(tǒng)下的應(yīng)用商店的存在。日常生信用miniconda即可姿搜。安裝好miniconda后右犹，下載fastqc軟件。
miniconda安裝
-
網(wǎng)頁搜索 “miniconda 清華”鏡像（清華的conda鏡像網(wǎng)站）
首先翅阵，查詢自己的電腦是多少位的：
uname -a
結(jié)果是64位，然后，在網(wǎng)頁搜“miniconda 清華”止状，找到Linux最新版本的（latest）64位版本烹棉，Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，sh表示程序后綴怯疤。右鍵復(fù)制其網(wǎng)址浆洗，構(gòu)建一個(gè)目錄，利用wget命令將其安裝在Linux系統(tǒng)中集峦。
cd ~/biosoft
wget 剛才你復(fù)制的下載鏈接（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）
鏡像安裝 -
安裝 miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（若安裝失敗伏社，則從此步重來）
安裝成功 -
激活 miniconda
source ~/.bashrc
激活成功 添加鏡像，加快下載速度
中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用（下載軟件）
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list
列表
- 安裝軟件 conda install fastqc -y 【-y是yes塔淤，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes摘昌，你可以試試不加-y有什么區(qū)別】。默認(rèn)安裝最新版本高蜂，但是有的軟件新版本bug比較多聪黎，可能需要用到老版本
如果要指定版本號(hào)，可以conda install fastqc=0.11.7 -y（引自：生信星球）
若conda出現(xiàn)下載問題备恤，也可通過直接網(wǎng)站下載fastqc稿饰，安裝在linux中，
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html
- 確認(rèn)fastqc軟件是否安裝成功
fastqc --help露泊，如果出現(xiàn)一大片文字湘纵，這是軟件的幫助文檔。因?yàn)橹挥邪惭b成功的軟件才能看到幫助文檔滤淳，所以出現(xiàn)了這篇幫助文檔梧喷，就可以確定已經(jīng)安裝成功。
- 卸載軟件命令
conda remove fastqc -y
需要深入指路：
“conda 環(huán)境”
