導(dǎo)讀：在聚類熱圖中乃正，除了顏色編碼外，添加文本信息可以提供更精確的數(shù)據(jù)解釋婶博。例如直接在熱圖的方塊內(nèi)標(biāo)注p值顯著性瓮具，從而使得數(shù)據(jù)的顯著性水平一目了然，有助于研究者更快速凡人、準(zhǔn)確地理解數(shù)據(jù)背后的含義名党。
《Cancer Cell》文章“CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis”fig 2G的熱圖以一種比顏色更加精確的方式展示了scRNA-seq結(jié)果中，各種免疫細(xì)胞亞型（行）在不同組織（列）中的分布情況挠轴。添加的Ro/e?表示觀測細(xì)胞數(shù)/期望細(xì)胞數(shù)（ratio of observed to expected cell number)传睹。其中，+++表示>1岸晦，++表示(0.8,1]欧啤，+表示[0.2,0.8]，+/-表示(0,0.2)启上，-表示0堂油。
1，打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_cluster_heatmap_with_labels_plot_249
2碧绞，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載吱窝，并使用excel打開讥邻。
示例數(shù)據(jù)包括兩部分。
第1部分是熱圖數(shù)據(jù)：行是基因院峡，列是樣品兴使，行列交叉處為數(shù)值。
第2部分是標(biāo)注數(shù)據(jù)：行是基因照激，列是樣品发魄，行列交叉處為待標(biāo)注的文字，可以是任意鍵盤可以打出來的英文字母或者符號(hào)俩垃，例如*励幼，!，$等口柳，不標(biāo)注的地方以NA表示苹粟。
注：兩部分?jǐn)?shù)據(jù)的首行和首列必須完全一樣，即：除了將表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)值換成待標(biāo)注的文字外跃闹，其他完全一樣嵌削。
3毛好，輸入檢查
示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)苛秕。
真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中肌访，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)艇劫，Ctrl+C拷貝吼驶，Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查港准。若檢查不通過旨剥，請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示）浅缸，然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)轨帜。
注：輸入檢查是新添加的功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求衩椒，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)蚌父，并給出提示，以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求毛萌。
4苟弛，選擇參數(shù)
圖片大小
圖片寬度，高度
熱圖小矩陣的寬度和高度阁将，若將小矩形的高度和寬度設(shè)置為一樣膏秫，則以正方形的形式展示，這在基因和樣品數(shù)相差不大的情況下可能更加美觀
字體大小
行名字字體大凶鲋选：基因名的字體大小
列名字字體大戌拖鳌：樣品名的字體大小
Colorbar字體大小：表示顏色的數(shù)值的字體大小
矩形上標(biāo)注文字字體大写盗瘛：標(biāo)注的文字的字體大小
顏色
低顏色亭敢，中顏色和高顏色分別對(duì)應(yīng)數(shù)值低、中图筹、高帅刀。若低和中，或者中和高顏色一樣远剩，則僅使用兩種顏色
矩形上標(biāo)注文字顏色：標(biāo)注的文字或者符號(hào)的顏色
顏色數(shù)：越大越平滑
矩形邊顏色
熱圖中小矩形邊框的顏色扣溺。若選擇帶顏色，則會(huì)彈出顏色選項(xiàng)
是否切割聚類樹：設(shè)置了行切割和列切割瓜晤。默認(rèn)數(shù)值1為不切割
Scale：是否對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行z-score轉(zhuǎn)換娇妓。兩個(gè)樣品時(shí)，請不要選擇scale活鹰，否則出來就是兩種顏色
聚類：分別設(shè)置了行聚類哈恰，行不聚類只估，以及列聚類和列不聚類選項(xiàng)
聚類方法和距離方法：設(shè)置了不同的聚類方法和距離方法。若聚類分不開着绷，可以試試不同的方法組合
Colorbar顏色范圍：colorbar上顏色的數(shù)值breaks蛔钙。默認(rèn)根據(jù)數(shù)據(jù)自動(dòng)選擇，若填有荠医，則以指定數(shù)值顯示顏色吁脱，例如-2,-1,0,1,2則顏色范圍就從(-1.5,1.5)變成了(-2,2)
字體：設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial
5，提交出圖
檢查通過彬向，并且參數(shù)選好后兼贡，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約3s后娃胆，會(huì)在頁面上顯示帶文字標(biāo)注的熱圖遍希。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖里烦，png凿蒜、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用⌒埠冢可以使用acrobat illustrator等軟件編輯矢量圖废封，進(jìn)行組圖，調(diào)整文字位置丧蘸，字體漂洋，添加說明等操作，以滿足個(gè)性化需求力喷。
帶cut和邊框顏色的標(biāo)注熱圖
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