1.Grid

（1） 打開蛋白臀突，“Grid->Macromocule->Open”，打開“r.pdbqt”贾漏。彈出的對(duì)話框候学，點(diǎn)擊Yes及確定

（2） 打開小分子，“Grid->Set Map Types->Open ligand”

（3） 設(shè)置GridBox纵散，“Grid->Grid Box…”梳码，打開Grid Options對(duì)話框伍掀。調(diào)整X,Y,Z及格子中心坐標(biāo)掰茶。PDB中的蛋白大多能查到結(jié)合信息，如果查不到蜜笤，在不知道結(jié)合位點(diǎn)的情況下濒蒋，就把盒子大小設(shè)置為罩住整個(gè)蛋白：

設(shè)置完成后點(diǎn)擊Grid Options 菜單中：File→Close saving current （保存并關(guān)閉對(duì)話框）。

（4）保存gpf文件沪伙。ADT菜單欄：“Grid->Output->Save GPF”，對(duì)話框中县好，就寫g.gpf做為文件名围橡。注意：不要省略后綴名。

（5） 運(yùn)行autogrid
Run->Run Autogrid缕贡，如圖所示翁授，點(diǎn)擊Launch。

有個(gè)小彈窗出來晾咪，等待它消失收擦，此時(shí)工作目錄會(huì)多出一堆文件。

2. 進(jìn)行docking（對(duì)接）

（1）打開蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid macromocule禀酱，選擇r.pdbqt

（2）打開小分子：Docking->Ligand->Open炬守，選擇nap.pdbqt。對(duì)話框選擇Accept

（3）設(shè)置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters减途，Accept采用默認(rèn)設(shè)置
注：選擇local是為了快速計(jì)算酣藻，也可選Genetic Alogorithm，計(jì)算更精確一些鳍置。如果這里算法改變辽剧，對(duì)應(yīng)導(dǎo)出參數(shù)文件OUTPUT時(shí)也應(yīng)相應(yīng)改變。
（4）設(shè)置對(duì)接參數(shù)：Docking->Docking Parameters税产，Accept采用默認(rèn)設(shè)置

（5）導(dǎo)出為dpf對(duì)接參數(shù)文件：Docking->Output->Local Search（4.2）怕轿，文件名d.dpf。注意：加上后綴名

（6）Run->Run AutoDock辟拷，如圖所示撞羽，點(diǎn)擊Launch。

image.png

又彈出一個(gè)小框框衫冻，等他消失诀紊。發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)dlg文件隅俘，這就是對(duì)接的最終結(jié)果邻奠，一般有50種對(duì)接方式。

3.查看對(duì)接結(jié)果

Analyze->Docking->Opend.dlg,確定
加上受體大分子为居，Analyze->Macromolecule->Open
一個(gè)個(gè)的查看剛才對(duì)接的結(jié)果碌宴，按能量排序
Analyze->Conformations->Play，ranked by energy
查看所有對(duì)接結(jié)果

查看對(duì)接能量的合理性：
Analyze-clusterings -show
可以看到各個(gè)能量分組下對(duì)接結(jié)果的個(gè)數(shù)贰镣。<0的是合理的，也就是說這50個(gè)對(duì)接結(jié)果只有一半合理忍抽，因此我們剛才按照能量排序八孝，只有前25個(gè)可用。

4.導(dǎo)出對(duì)接結(jié)果并轉(zhuǎn)換成PDB格式

編號(hào)調(diào)回1鸠项，點(diǎn)擊右邊第二個(gè)按鈕干跛，然后Write Complex，生成結(jié)果的pdbqt文件祟绊，我們就命名為”result1.pdbqt”楼入。注意不要忘了后綴名。

打開Open Babel軟件牧抽，找到剛才的result1.pdbqt嘉熊，寫好輸出的pdb文件名，然后點(diǎn)擊CONVERT按鈕即可完成轉(zhuǎn)換扬舒。
（教程涉及的軟件可在生信星球公眾號(hào)回復(fù)“autodock”獲得）

用Pymol打開則可看到可視化的對(duì)接結(jié)果（再次驚現(xiàn)神奇gif）：

對(duì)接結(jié)果

完結(jié)完結(jié)！開心！

總結(jié)：

總結(jié)

準(zhǔn)備工作：

設(shè)置工作目錄孕惜，用pymol去除水分子愧薛，分離蛋白和小分子，得到各自的pdb文件衫画。

（如果是預(yù)測得到的蛋白pdb毫炉，那就直接拿來用咯，只需要分離或者查找到小分子的3d結(jié)構(gòu)削罩。推薦的網(wǎng)址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top）

第一步：準(zhǔn)備坐標(biāo)文件（pdbqt）

pdbqt是AutoDock 特定的坐標(biāo)文件格式瞄勾，包括：
1）極性氫原子；
2）局部電荷弥激；
3）原子類型
4）柔性分子的節(jié)點(diǎn)信息
因此进陡，將蛋白和小分子各自導(dǎo)出為pdbqt文件：
蛋白：加氫、計(jì)算電荷秆撮、添加原子類型
小分子：加氫换况、計(jì)算電荷职辨、確定root（扭矩中心），選擇可旋轉(zhuǎn)的鍵戈二。
注意：小分子作為配體舒裤，它的讀取和導(dǎo)出都在Ligand菜單進(jìn)行。

第二步：Grid

利用 AutoDockTools 創(chuàng)建 grid 格點(diǎn)參數(shù)文件(GPF)觉吭，主要是設(shè)置gridbox的中心坐標(biāo)和大小腾供。
運(yùn)行autogrid，工作目錄會(huì)多出一個(gè)glg文件和一些mapping文件鲜滩。

第三步：docking

在 AutoDockTools 中生成對(duì)接參數(shù)文件(DPF)伴鳖，包括算法和對(duì)接參數(shù)。
運(yùn)行autodock徙硅，工作目錄會(huì)多出一個(gè)dlg文件榜聂。

第四步：分析對(duì)接結(jié)果-Analyze

使用 AutoDockTools 分析對(duì)接結(jié)果dlg文件嗓蘑，選擇最好的導(dǎo)出為pdbqt须肆，再轉(zhuǎn)換為pdb格式。

參考：http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html

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