一昼牛、linux環(huán)境下的軟件安裝
1.了解conda
類似于軟件商店盗棵，包含許多軟件包管理器掂为≡低欤可以分為三類級別：conda瞄崇、anacanda和miniconda（主要管理的是生信方面的軟件）
2.下載miniconda
①在miniconda 清華網(wǎng)站上復制下載鏈接，在xshell上先cd ~/biosoft進入biosoft目錄下壕曼，然后wget （右鍵粘貼）網(wǎng)址鏈接杠袱，下載完畢。
②bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh窝稿，一直Enter直至要求你輸入yes,再按一次Enter楣富，此時會出現(xiàn)如下文字
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
一定要按yes，否則失敗伴榔。（tips：安裝失敗就要先回到bio07主目錄下刪除miniconda3目錄纹蝴，然后再重新安裝才能成功。）
③激活:輸入source ~/.bashrc踪少，回車塘安，在輸入conda，顯示大量信息援奢，表示安裝成功兼犯。
④添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3.軟件安裝
①查看服務器里所有的軟件：conda list
②搜索所需下載的軟件：conda search fastqc，等待一段時間會呈現(xiàn)所有相關(guān)軟件
③安裝與卸載軟件：
安裝：conda install fastqc -y(y表示所有詢問回答yes，不加-y需要手動Enter切黔，并且不會顯示所下載和更新的具體信息砸脊，如下圖)，會顯示下載的軟件及大小纬霞。
卸載：conda remove fastqc -y
二凌埂、conda環(huán)境
1.什么是conda envirment
理解類似于見什么人說什么話，用來分析什么就要用什么特定的環(huán)境诗芜，也可以理解為分身瞳抓。
2.查看已有環(huán)境：輸入conda info --envs，顯示當前已有環(huán)境：
3.創(chuàng)建新環(huán)境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(不要忘了-y)
4.激活新環(huán)境：conda activate rna-seq(括弧里由base變成了rna-seq)
退出環(huán)境：conda deactivate(括弧內(nèi)又回到base)
三伏恐、思維導圖
今天安裝conda出現(xiàn)了問題孩哑，自己想辦法解決之后感覺好好哦！繼續(xù)加油~~
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