學(xué)習(xí)安裝miniconda（引自生信星球）
- 檢查軟件是否存在：由putty進(jìn)入Linux后輸入
bzip2萍摊，顯示無(wú)此命令驹针，軟件不存在饥脑，需要安裝言疗。 - 安裝bzip2：
yum install -y bzip2晴圾，顯示complete后完成安裝 - 下載miniconda：搜索“miniconda”，第一個(gè)鏈接下載與服務(wù)器對(duì)應(yīng)的Python洲守，找到其鏈接https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh疑务，復(fù)制，在自己服務(wù)器建立文件夾biosoft（
mkdir biosoft）梗醇，進(jìn)入biosoft（cd biosoft），使用wget命令跟上鏈接撒蟀，開始下載叙谨。
sh文件相當(dāng)于安裝包 - 使用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令進(jìn)行安裝。 - 使用
source ~/.bashrc命令激活conda - 添加鏡像保屯，命令如下：
# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
學(xué)習(xí)使用conda（引自生信星球）
- 使用
conda list命令查看當(dāng)前軟件列表 - 搜索軟件：使用命令
conda search加軟件名稱手负，如conda search fastqc - 安裝軟件：
conda install 軟件名稱 -y，如conda install fastqc -y,不加-y也可以姑尺，但安裝過程中要手動(dòng)點(diǎn)yes和回車等命令進(jìn)行確認(rèn)
若需指定版本號(hào)竟终，則在軟件名稱后加=版本號(hào) - 卸載軟件：
conda remove 軟件名稱 -y
學(xué)習(xí)建立conda環(huán)境（引自生信星球）
- 查看當(dāng)前環(huán)境：
conda info --envs
顯示為*，表示默認(rèn) - 建立新環(huán)境：
conda create -n 環(huán)境名稱 python=版本號(hào) 軟件名1 軟件名2 軟件名n -y切蟋，如conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y表示建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境统捶，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc柄粹、trimmomatic - 激活新環(huán)境：
conda activate 環(huán)境名稱喘鸟，如conda activate rna-seq - 卸載環(huán)境中的軟件：
conda remove -n 環(huán)境名稱 軟件名稱 -y，如：
conda remove -n rna-seq fastqc -y
退出當(dāng)前環(huán)境：conda deactivate
卸載某個(gè)環(huán)境：conda remove -n 環(huán)境名 --all
Linux軟件安裝
