學(xué)習(xí)安裝miniconda(引自生信星球)
- 檢查軟件是否存在:由putty進(jìn)入Linux后輸入
bzip2
萍摊,顯示無(wú)此命令驹针,軟件不存在饥脑,需要安裝言疗。 - 安裝bzip2:
yum install -y bzip2
晴圾,顯示complete后完成安裝 - 下載miniconda:搜索“miniconda”,第一個(gè)鏈接下載與服務(wù)器對(duì)應(yīng)的Python洲守,找到其鏈接https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh疑务,復(fù)制,在自己服務(wù)器建立文件夾biosoft(
mkdir biosoft
)梗醇,進(jìn)入biosoft(cd biosoft
),使用wget
命令跟上鏈接撒蟀,開始下載叙谨。
sh文件相當(dāng)于安裝包 - 使用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
命令進(jìn)行安裝。 - 使用
source ~/.bashrc
命令激活conda - 添加鏡像保屯,命令如下:
# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
學(xué)習(xí)使用conda(引自生信星球)
- 使用
conda list
命令查看當(dāng)前軟件列表 - 搜索軟件:使用命令
conda search
加軟件名稱手负,如conda search fastqc
- 安裝軟件:
conda install 軟件名稱 -y
,如conda install fastqc -y
,不加-y
也可以姑尺,但安裝過程中要手動(dòng)點(diǎn)yes和回車等命令進(jìn)行確認(rèn)
若需指定版本號(hào)竟终,則在軟件名稱
后加=版本號(hào)
- 卸載軟件:
conda remove 軟件名稱 -y
學(xué)習(xí)建立conda環(huán)境(引自生信星球)
- 查看當(dāng)前環(huán)境:
conda info --envs
顯示為*,表示默認(rèn) - 建立新環(huán)境:
conda create -n 環(huán)境名稱 python=版本號(hào) 軟件名1 軟件名2 軟件名n -y
切蟋,如conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
表示建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境统捶,然后指定python版本是3,安裝軟件fastqc柄粹、trimmomatic - 激活新環(huán)境:
conda activate 環(huán)境名稱
喘鸟,如conda activate rna-seq
- 卸載環(huán)境中的軟件:
conda remove -n 環(huán)境名稱 軟件名稱 -y
,如:
conda remove -n rna-seq fastqc -y
退出當(dāng)前環(huán)境:conda deactivate
卸載某個(gè)環(huán)境:conda remove -n 環(huán)境名 --all
Linux軟件安裝