學(xué)習(xí)小組Day 3筆記--楊柳松

學(xué)習(xí)安裝miniconda(引自生信星球)

  1. 檢查軟件是否存在:由putty進(jìn)入Linux后輸入bzip2萍摊,顯示無(wú)此命令驹针,軟件不存在饥脑,需要安裝言疗。
  2. 安裝bzip2:yum install -y bzip2晴圾,顯示complete后完成安裝
  3. 下載miniconda:搜索“miniconda”,第一個(gè)鏈接下載與服務(wù)器對(duì)應(yīng)的Python洲守,找到其鏈接https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh疑务,復(fù)制,在自己服務(wù)器建立文件夾biosoft(mkdir biosoft)梗醇,進(jìn)入biosoft(cd biosoft),使用wget命令跟上鏈接撒蟀,開始下載叙谨。
    sh文件相當(dāng)于安裝包
  4. 使用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令進(jìn)行安裝。
  5. 使用source ~/.bashrc命令激活conda
  6. 添加鏡像保屯,命令如下:

# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

學(xué)習(xí)使用conda(引自生信星球)

  1. 使用conda list命令查看當(dāng)前軟件列表
  2. 搜索軟件:使用命令conda search加軟件名稱手负,如conda search fastqc
  3. 安裝軟件:conda install 軟件名稱 -y,如conda install fastqc -y,不加-y也可以姑尺,但安裝過程中要手動(dòng)點(diǎn)yes和回車等命令進(jìn)行確認(rèn)
    若需指定版本號(hào)竟终,則在軟件名稱后加=版本號(hào)
  4. 卸載軟件:conda remove 軟件名稱 -y

學(xué)習(xí)建立conda環(huán)境(引自生信星球)

  1. 查看當(dāng)前環(huán)境:conda info --envs
    顯示為*,表示默認(rèn)
  2. 建立新環(huán)境:conda create -n 環(huán)境名稱 python=版本號(hào) 軟件名1 軟件名2 軟件名n -y切蟋,如conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y表示建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境统捶,然后指定python版本是3,安裝軟件fastqc柄粹、trimmomatic
  3. 激活新環(huán)境:conda activate 環(huán)境名稱喘鸟,如conda activate rna-seq
  4. 卸載環(huán)境中的軟件:conda remove -n 環(huán)境名稱 軟件名稱 -y,如:
    conda remove -n rna-seq fastqc -y
    退出當(dāng)前環(huán)境:conda deactivate
    卸載某個(gè)環(huán)境:conda remove -n 環(huán)境名 --all
Linux軟件安裝
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