TCGA臨床數(shù)據(jù)和各種組學(xué)數(shù)據(jù)自動(dòng)批量下載和處理教程
TCGA轉(zhuǎn)錄組RNAseq數(shù)據(jù)下載
參數(shù)含義詳細(xì)介紹
func_tcga__project__strs: 要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method:TCGA數(shù)據(jù)下載的方式，默認(rèn)為api方式
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir:是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix: 是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
參數(shù)給定的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: rnaseq ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_rnaseq_download
運(yùn)行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中跷车，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 運(yùn)行結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rnaseq_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運(yùn)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rnaseq_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
TCGA臨床數(shù)據(jù)下載
參數(shù)含義解釋
func_tcga__project__strs:要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method: TCGA數(shù)據(jù)下載的方式版述，默認(rèn)為api方式
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir:是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
給定參數(shù)的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: clinical ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_clinical_download
運(yùn)行中的顯示信息
執(zhí)行中，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_clinical_download_last_final_run_res_log.csv
窗口的截圖
下載結(jié)果信息顯示
結(jié)果文件信息
結(jié)果文件中的信息
TCGA突變數(shù)據(jù)下載
參數(shù)解釋
func_tcga__project__strs: 要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method: TCGA數(shù)據(jù)下載的方式，默認(rèn)為api方式
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir:是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir: 是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
已給定的參數(shù)的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: mutation ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_mutation_download
運(yùn)行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 運(yùn)行結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mutation_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運(yùn)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mutation_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果信息展示
結(jié)果文件列表
Maf突變文件內(nèi)容
TCGA拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)下載
參數(shù)詳細(xì)解釋
func_tcga__project__strs:要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method:TCGA數(shù)據(jù)下載的方式嗅骄，默認(rèn)為api方式
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir:是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
參數(shù)給定的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: cnv ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_cnv_download
運(yùn)行中的顯示信息
執(zhí)行中，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_cnv_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運(yùn)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_cnv_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
結(jié)果文件
TCGA RPPA蛋白芯片數(shù)據(jù)下載
分析參數(shù)詳細(xì)介紹
func_tcga__project__strs: 要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method: TCGA數(shù)據(jù)下載的方式焙畔，默認(rèn)為api方式
nested_function: 是否嵌套函數(shù)
run_file_path: 數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir: 是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
參數(shù)給定的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: protein ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_rppa_download
運(yùn)行中的顯示信息
執(zhí)行中掸读，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rppa_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運(yùn)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rppa_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
TCGA mirna測(cè)序數(shù)據(jù)下載
參數(shù)解釋
func_tcga__project__strs：要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type：要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method：TCGA數(shù)據(jù)下載的方式串远，默認(rèn)為api方式
nested_function：是否嵌套函數(shù)
run_file_path：數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file：是否要讀取文件
run_add__res__dir：是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix：是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir：是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name：是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
已給定的參數(shù)默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: mirna ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_mirna_download
運(yùn)行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中宏多，請(qǐng)稍后, 運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 運(yùn)行結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mirna_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
執(zhí)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mirna_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
結(jié)果文件內(nèi)容
TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載
分析參數(shù)詳細(xì)解釋
func_tcga__project__strs:要下載的TCGA癌癥類型名稱
func_data__type:要下載的TCGA數(shù)據(jù)類型
func_download__method:TCGA數(shù)據(jù)下載的方式儿惫，默認(rèn)為api方式
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:數(shù)據(jù)要下載到的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_add__res__dir:是否創(chuàng)建一個(gè)叫res_dir的結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
run_analysis_type_name:是否在上一級(jí)目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
已給定的參數(shù)的默認(rèn)值
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;
func_data__type: methylation ;
func_download__method: api ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;
run_read_file: FALSE ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE ;
run_analysis_type_name: tcga_methylation_download
運(yùn)行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中，請(qǐng)稍后,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_methylation_download_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運(yùn)行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運(yùn)行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data\tcga_methylation_download_last_final_run_res_log.csv
下載結(jié)果展示
