在Ubuntu 16系統(tǒng)執(zhí)行

1.安裝miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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按照提示按回車鍵ENTER

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輸入yes

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按回車鍵ENTER，miniconda2將安裝在/home/czh/miniconda2 這個路徑

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安裝過程中詢問你是否將miniconda2添加到環(huán)境變量中，輸入yes將自動添加到環(huán)境變量中沪蓬，如果你不小心按了回車鍵ENTER侵蒙，則不會自動添加到環(huán)境變量中烘绽，后面需要自己手動添加。

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看見Thank you for installing Miniconda2! 表明安裝完畢。現(xiàn)在輸入conda檢測一下安裝成功沒，發(fā)現(xiàn)報錯并沒安裝成功稽揭，因為上一步添加環(huán)境變量后，沒有刷新環(huán)境變量bashrc這個文件肥卡，這時候輸入 source ~/.bashrc溪掀， 再輸入conda，則發(fā)現(xiàn)無報錯安裝成功步鉴！

#設(shè)置conda的軟件下載頻道膨桥，華東或華中地區(qū)推薦使用中科大鏡像，清華鏡像也可唠叛，根據(jù)你的網(wǎng)絡(luò)所在地選擇。

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

conda config --add channels r

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

#查看一下所設(shè)置的頻道

cat ~/.condarc

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2.使用miniconda安裝軟件

#以構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組分析環(huán)境為例沮稚，安裝轉(zhuǎn)錄組拼接軟件trinity艺沼，先在軟件庫里搜索trinity。

conda search trinity

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搜索結(jié)果顯示trinity多個版本和存放頻道蕴掏，conda默認(rèn)安裝最新版本障般，也可以安裝特定版本。

創(chuàng)建名為RNA_seq的虛擬環(huán)境盛杰，并安裝trinity在該環(huán)境中挽荡。

conda create -n RNA_seq trinity

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過程中會詢問你是否下載這些包進(jìn)行安裝，輸入y 繼續(xù)安裝即供。

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出現(xiàn)上述界面表明安裝成功

#激活RNA_seq虛擬環(huán)境

source activate RNA_seq

#檢測trinity是否安裝成功定拟，無報錯出現(xiàn)幫助信息，說明安裝成功逗嫡。

Trinity -h

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關(guān)閉RNA_seq虛擬環(huán)境

source deactivate

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在RNA_seq虛擬環(huán)境中繼續(xù)安裝轉(zhuǎn)錄組相關(guān)軟件bowtie2

conda install -n RNA_seq bowtie2

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bowtie2安裝成功后青自，再次激活虛擬環(huán)境RNA_seq

source activate RNA_seq

檢測bowtie2安裝是否成功

bowtie2 -h

檢測trinity是否正常

Trinity -h

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至此RNA_seq虛擬環(huán)境構(gòu)建成功，且成功安裝兩個軟件在該環(huán)境中驱证。虛擬環(huán)境的構(gòu)建有利于軟件流程的管理延窜，如不這樣，直接使用conda install “軟件名” 也可安裝軟件抹锄，但當(dāng)使用conda安裝軟件過多時逆瑞，容易出現(xiàn)報錯荠藤，具體原因還不十分清楚。猜測是不同軟件的往往存在相同的依賴軟件获高，但依賴軟件版本的要求又不盡相同哈肖，在軟件使用時，軟件無法調(diào)用正確版本的依賴軟件谋减，從而導(dǎo)致錯誤牡彻。