T細(xì)胞受體是T細(xì)胞識別靶細(xì)胞表面特異性抗原的蛋白分子贼穆，由α鏈和β鏈（分別由TRA和TRB編碼）或者γ鏈和δ 鏈（分別由TRG和TRD編碼）構(gòu)成的異二聚體邑狸，主要是以α鏈和β鏈構(gòu)成的異二聚體為主。α鏈和β鏈由恒定區(qū)（C區(qū)）赏参、可變區(qū)（V區(qū)）、跨膜區(qū)及胞質(zhì)區(qū)等組成，V區(qū)是特異性識別抗原肽/組織相容性抗原復(fù)合物（MHC）的關(guān)鍵部位止吁。α鏈和β鏈的V區(qū)均含有3個高變區(qū)，又稱互補(bǔ)決定區(qū)（CDR）燎悍，分別為CDR1,CDR2,CDR3敬惦，而β鏈還有CDR4，CDR3是負(fù)責(zé)識別processed antigen的主要CDR谈山。
TCR多樣性超級豐富俄删，可達(dá)10^15 - 10^18種，所以機(jī)體才有可能識別任何抗原。那么TCR多樣性的產(chǎn)生原因是什么呢畴椰？
TCR多樣性主要是V（D）J重組導(dǎo)致臊诊，這是一個隨機(jī)過程，而V,D,J基因本身又具有多樣性斜脂，不同的T細(xì)胞克隆經(jīng)基因重排抓艳、發(fā)生不同基因片段的連接，產(chǎn)生特定的(VDJ)基因和(VJ)基因帚戳，從而表達(dá)特異性TCR玷或，這是TCR多樣性產(chǎn)生的主要機(jī)制。
TCRα鏈通過VJ重組產(chǎn)生片任，而β鏈通過VDJ重組產(chǎn)生偏友；同樣地，TCRγ鏈的產(chǎn)生涉及VJ重組对供，而TCRδ鏈通過VDJ重組產(chǎn)生位他。
正常個體在沒有抗原刺激的情況下，TCR基因重排是隨機(jī)的产场，T細(xì)胞呈多家族鹅髓、多克隆性特點(diǎn)。接受不同抗原刺激后涝动，TCR V區(qū)基因可對抗原產(chǎn)生特異性識別迈勋，并使帶有這類基因的 T細(xì)胞得到優(yōu)勢擴(kuò)增。
TCR測序方法：
一醋粟、以DNA為起始材料靡菇，采用多重PCR方法擴(kuò)增TCRβ CDR3片段：
二、以RNA為起始材料米愿，采用5’RACE方法擴(kuò)增全長TCR序列：
分析軟件：mixcr
這是一款非常好用的TCR測序分析軟件厦凤，適用于多種實(shí)驗(yàn)方法，包括多重PCR育苟，5’RACE以及RNAseq和WES數(shù)據(jù)较鼓，用法也非常簡單。
對于多重PCR方法违柏，該軟件分析命令如下：
mixcr analyze amplicon --species hs \
--starting-material dna \
--5-end v-primers \
--3-end j-primers \
--adapters adapters-present \
input_R1.fastq input_R2.fastq analysis
對于5’RACE方法博烂，該軟件分析命令如下：
mixcr analyze amplicon --species hs \
--starting-material rna \
--5-end v-primers \
--3-end j-primers \
--adapters adapters-present \
input_R1.fastq input_R2.fastq analysis
TCR測序主要應(yīng)用于：
(1)V、D漱竖、J基因片段使用頻率禽篱，CDR3 長度，插入及缺失堿基比例馍惹、CDR3氨基酸使用模式躺率，不同抗原受體序列豐度及文庫的多樣性玛界、克隆性；
(2)檢測并了解克隆性增生或抗原特異性的T細(xì)胞的特征悼吱；
(3)追蹤不同時間點(diǎn)疾病相關(guān)T細(xì)胞克隆變化慎框；
(4)通過TCR氨基酸序列研究不同個體間的共有免疫細(xì)胞克隆。
相關(guān)概念：
有效TCRβ序列：
CDR3核苷酸序列及CDR3氨基酸序列：
相同TCRβ鏈CDR3序列稱為一種克隆型：每種克隆型的序列數(shù)及頻率：
多樣性：VJ組合后添、VDJ組合笨枯、CDR3核苷酸克隆型數(shù)量、CDR3氨基酸克隆型數(shù)量：
TCR多樣性比較指標(biāo)：香農(nóng)熵吕朵，數(shù)值越接近 0 表明免疫多樣性越差猎醇，而越接近 1 表明免疫多樣性越好窥突。
高克隆序列（Highly enpended clone努溃， HEC），高克隆序列是指表達(dá)量超過了總的 CDR3 序列的 0.5％的 CDR3 序列阻问。
CDR3 氨基酸長度正態(tài)擬合：正常機(jī)體中梧税， CDR3 氨基酸的長度呈正態(tài)分布， 然而在患有疾病的患者中称近， 其中一些特定的 CDR3 氨基酸序列會出現(xiàn)大量的表達(dá)第队，使 CDR3 氨基酸長度出現(xiàn)明顯的差異。
基因使用頻率分布：
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