生物醫(yī)學(xué)研究人員如果想要知道基因與疾病間的關(guān)系娶耍，往往需要查閱大量的文獻(xiàn)，耗時(shí)耗力擦耀。那生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的自動(dòng)挖掘棉圈，基因與疾病關(guān)系的自動(dòng)提取就成為一種需要。
一埂奈、DTminer簡(jiǎn)介
這里迄损，我介紹給大家一個(gè)網(wǎng)頁(yè)工具DTminer。2016年账磺，這個(gè)工具在『Bioinformatics』雜志上發(fā)表芹敌。
慣例，先給出文章
DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining
網(wǎng)址：https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php
該網(wǎng)頁(yè)工具有上海交大的研究人員開(kāi)發(fā)垮抗，主頁(yè)如下：
二氏捞、DTminer中的信息來(lái)源
- Gene library
基因信息主要來(lái)自于NCBI中的gene數(shù)據(jù)庫(kù)、HGNC冒版、Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)
- Disease term library
Disease Ontology液茎、MedDRA、UMLS辞嗡、IDDB
- Biomedical literature database
MEDLINE 捆等、the U.S. National Library of Medicine journal citation database
- Annotated data
Genetic Association Databases、MEDLINE
- Ground truth
DisGeNET
二续室、DTminer使用
1. 查找疾病相關(guān)基因(以lung cancer為例)
點(diǎn)擊『Disease Search』或者『Disease Syn』栋烤，輸入『lung cancer』，點(diǎn)擊submit后挺狰，出現(xiàn)所有與lung cancer有關(guān)的詞[Figure 1-1]明郭。
此處我選擇第一個(gè)詞，出現(xiàn)Figure 1-2
在Figure 1-2中丰泊，我嘗試點(diǎn)擊『Evidence』下的"-->"薯定，進(jìn)入參考文獻(xiàn)界面，如下圖所示瞳购，
在Figure 1-2中话侄，我嘗試點(diǎn)擊『Gene Name』下的"epidermal growth factor receptor"，進(jìn)入基因相關(guān)疾病界面学赛，如下圖所示年堆，
2. 查找基因相關(guān)疾病(以tp53為例)
點(diǎn)擊『Gene Search』或者『Gene Syn』，輸入『tp53』罢屈，點(diǎn)擊submit后嘀韧，出現(xiàn)所有與tp53有關(guān)的詞[Figure 2-1]篇亭。
同樣的缠捌，這里我選擇第一個(gè)詞，進(jìn)入如下界面：
大家觀察一下就可以發(fā)現(xiàn)Figure 2-2與Figure 1-4是相似的，這里我就不再多介紹了曼月。
三谊却、DTminer可能使用場(chǎng)景
(1)剛研究某個(gè)疾病，需要全面了解一下與該疾病相關(guān)的一些基因哑芹；
(2)實(shí)驗(yàn)或者數(shù)據(jù)庫(kù)中挖掘出一個(gè)感興趣的基因炎辨，想知道該基因是否與某個(gè)疾病相關(guān)；
聪姿。碴萧。。末购。破喻。。
四盟榴、小任務(wù)
我想知道哪些基因與糖尿病性高血壓有關(guān)~~~
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