KEGG Drug 數(shù)據(jù)庫(kù)

kegg drug 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)藥物相關(guān)信息的綜合數(shù)據(jù)庫(kù),包括了在日本讲仰,美國(guó)慕趴,歐洲上市的的藥物。所有在日本上市的藥物鄙陡,不論處方藥還是非處方藥秩贰,包括天然藥物和中藥,都會(huì)在Drug 數(shù)據(jù)中有對(duì)應(yīng)的記錄柔吼;對(duì)于在美國(guó)和歐洲上市的藥物毒费, 只有一部分處方藥的信息在drug 數(shù)據(jù)庫(kù)中有記錄。

根據(jù)化學(xué)結(jié)果和化學(xué)組分的不同愈魏,將藥物進(jìn)行區(qū)分 觅玻,酶中藥物 用D number 進(jìn)行標(biāo)識(shí),比如 D014441 培漏, 是一種作用于慢性粒細(xì)胞白血病的藥物溪厘。對(duì)于每種藥物,記錄了其通用名牌柄,化學(xué)結(jié)構(gòu)畸悬,靶標(biāo)基因,相關(guān)的代謝酶珊佣,轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白等各種信息蹋宦,以D014441 為例,來詳細(xì)看下咒锻。

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字段 含義
Entry D number
Name 通用名和注冊(cè)的商品名
Products Generic DailyMed 數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接
Formula 分子式
Exact mass 質(zhì)量
Mol Weight 分子量
Structure 化學(xué)結(jié)構(gòu)
Simcomp 結(jié)構(gòu)相近的其他分子
Class DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)定義的分類
Efficacy Diseasee 作用的疾病
Target Pathway 藥物的靶標(biāo)對(duì)應(yīng)的人類基因和這些靶標(biāo)參與的通路
Metabolism 藥物代謝相關(guān)的酶
Structure map pathway數(shù)據(jù)庫(kù)的通路圖
Brite 在brite 數(shù)據(jù)庫(kù)中的分類信息

在結(jié)構(gòu)相似性和功能相似性的基礎(chǔ)上冷冗,建立了KEGG DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)藥物進(jìn)行了分類惑艇,每個(gè)group 用DG 編號(hào)開頭蒿辙。在DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)中,有兩種類型的group:

1. 第一種下面只包含對(duì)應(yīng)的藥物滨巴,這些藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)相近思灌, 比如DG00710包含D08066D01441 兩種藥物

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2. 第二種group還會(huì)包含下一級(jí)的group,這種其實(shí)是按照功能,分成了不同的層級(jí)恭取,比如DG01918 同時(shí)包含了藥物D10223和group DG01917;

除了KEGG DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)泰偿,brite 數(shù)據(jù)庫(kù)也有藥物的分類信息,但是分類的標(biāo)準(zhǔn)特別多秽荤。

很多的新藥甜奄,其實(shí)只是在已有藥物的基礎(chǔ)上柠横,保留核心的化學(xué)結(jié)構(gòu),其他基團(tuán)稍作變化而成的课兄,了解這種化學(xué)結(jié)構(gòu)的變化牍氛,可以為我們?cè)谒幬镩_發(fā)領(lǐng)域提供一定的參考。所以kegg 專門在pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中烟阐,將各種藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)變繪制了對(duì)應(yīng)的通路圖搬俊,叫做Structure map , 所有是Structure map組成了pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中的一大類別,叫做 Drug Development蜒茄。

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map07011 對(duì)應(yīng)的圖片如下

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總結(jié)

1. drug是藥物相關(guān)信息的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)唉擂,涵蓋了所有在日本上市的藥物以及部分在美國(guó)和歐洲上市的處方藥;
2. 根據(jù)化學(xué)結(jié)構(gòu)的不同檀葛,對(duì)每種藥物進(jìn)行區(qū)分玩祟,用D Number 來唯一標(biāo)識(shí)每種藥物,在數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄了藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)屿聋,靶標(biāo)基因空扎,代謝相關(guān)的酶等基本信息;
3. 對(duì)于藥物的分類润讥,KEGG GROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)結(jié)構(gòu)和功能的相似性對(duì)藥物進(jìn)行分類转锈,brite數(shù)據(jù)庫(kù)則提供了更加多的分類標(biāo)準(zhǔn);
4. 關(guān)于不同藥物間化學(xué)結(jié)構(gòu)的改變楚殿,在pathways數(shù)據(jù)庫(kù)中專門有一個(gè)叫做Drug Development的類別來進(jìn)行記錄撮慨;

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