kegg drug 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)藥物相關(guān)信息的綜合數(shù)據(jù)庫(kù),包括了在日本讲仰,美國(guó)慕趴,歐洲上市的的藥物。所有在日本上市的藥物鄙陡,不論處方藥還是非處方藥秩贰,包括天然藥物和中藥,都會(huì)在Drug 數(shù)據(jù)中有對(duì)應(yīng)的記錄柔吼;對(duì)于在美國(guó)和歐洲上市的藥物毒费, 只有一部分處方藥的信息在drug 數(shù)據(jù)庫(kù)中有記錄。
根據(jù)化學(xué)結(jié)果和化學(xué)組分的不同愈魏,將藥物進(jìn)行區(qū)分 觅玻,酶中藥物 用D number 進(jìn)行標(biāo)識(shí),比如 D014441
培漏, 是一種作用于慢性粒細(xì)胞白血病的藥物溪厘。對(duì)于每種藥物,記錄了其通用名牌柄,化學(xué)結(jié)構(gòu)畸悬,靶標(biāo)基因,相關(guān)的代謝酶珊佣,轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白等各種信息蹋宦,以D014441
為例,來詳細(xì)看下咒锻。
字段 | 含義 |
---|---|
Entry | D number |
Name | 通用名和注冊(cè)的商品名 |
Products Generic | DailyMed 數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接 |
Formula | 分子式 |
Exact mass | 質(zhì)量 |
Mol Weight | 分子量 |
Structure | 化學(xué)結(jié)構(gòu) |
Simcomp | 結(jié)構(gòu)相近的其他分子 |
Class | DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)定義的分類 |
Efficacy Diseasee | 作用的疾病 |
Target Pathway | 藥物的靶標(biāo)對(duì)應(yīng)的人類基因和這些靶標(biāo)參與的通路 |
Metabolism | 藥物代謝相關(guān)的酶 |
Structure map | pathway數(shù)據(jù)庫(kù)的通路圖 |
Brite | 在brite 數(shù)據(jù)庫(kù)中的分類信息 |
在結(jié)構(gòu)相似性和功能相似性的基礎(chǔ)上冷冗,建立了KEGG DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)藥物進(jìn)行了分類惑艇,每個(gè)group 用DG 編號(hào)開頭蒿辙。在DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)中,有兩種類型的group:
1. 第一種下面只包含對(duì)應(yīng)的藥物滨巴,這些藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)相近思灌, 比如DG00710
包含D08066
和 D01441
兩種藥物
2. 第二種group還會(huì)包含下一級(jí)的group,這種其實(shí)是按照功能,分成了不同的層級(jí)恭取,比如DG01918
同時(shí)包含了藥物D10223
和group DG01917
;
除了KEGG DGROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)泰偿,brite 數(shù)據(jù)庫(kù)也有藥物的分類信息,但是分類的標(biāo)準(zhǔn)特別多秽荤。
很多的新藥甜奄,其實(shí)只是在已有藥物的基礎(chǔ)上柠横,保留核心的化學(xué)結(jié)構(gòu),其他基團(tuán)稍作變化而成的课兄,了解這種化學(xué)結(jié)構(gòu)的變化牍氛,可以為我們?cè)谒幬镩_發(fā)領(lǐng)域提供一定的參考。所以kegg 專門在pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中烟阐,將各種藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)變繪制了對(duì)應(yīng)的通路圖搬俊,叫做Structure map , 所有是Structure map組成了pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中的一大類別,叫做 Drug Development蜒茄。
map07011 對(duì)應(yīng)的圖片如下
總結(jié)
1. drug是藥物相關(guān)信息的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)唉擂,涵蓋了所有在日本上市的藥物以及部分在美國(guó)和歐洲上市的處方藥;
2. 根據(jù)化學(xué)結(jié)構(gòu)的不同檀葛,對(duì)每種藥物進(jìn)行區(qū)分玩祟,用D Number 來唯一標(biāo)識(shí)每種藥物,在數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄了藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)屿聋,靶標(biāo)基因空扎,代謝相關(guān)的酶等基本信息;
3. 對(duì)于藥物的分類润讥,KEGG GROUP 數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)結(jié)構(gòu)和功能的相似性對(duì)藥物進(jìn)行分類转锈,brite數(shù)據(jù)庫(kù)則提供了更加多的分類標(biāo)準(zhǔn);
4. 關(guān)于不同藥物間化學(xué)結(jié)構(gòu)的改變楚殿,在pathways數(shù)據(jù)庫(kù)中專門有一個(gè)叫做Drug Development
的類別來進(jìn)行記錄撮慨;