KEGG被稱為京都基因組百科全書(shū)宾毒，是一個(gè)綜合性的數(shù)據(jù)庫(kù)鸣峭。對(duì)于如此龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)，肯定需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分門(mén)別類的整理肚邢。除了將各種數(shù)據(jù)拆分到不同的子數(shù)據(jù)庫(kù)中之外壹堰，KEGG還對(duì)所有的數(shù)據(jù)進(jìn)行了更加細(xì)致的功能分類，這些功能分類的信息就存儲(chǔ)在brite 數(shù)據(jù)庫(kù)中骡湖。
birte 主要包含以下五大類別的分類信息：
genes and protein
compounds and reactions
drugs
diseases
organisms and cells
在brite數(shù)據(jù)庫(kù)中缀旁，以文件的形式存儲(chǔ)分類信息。包含兩種格式的文件:
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table 格式勺鸦，比如對(duì)藥物的分類
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htext 文件并巍，比如kegg orthology 的分類
提供了兩種格式的文件用于下載，htext 對(duì)應(yīng)的后綴為 keg换途， json 對(duì)應(yīng)json懊渡。
json 格式是網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)傳說(shuō)的新標(biāo)準(zhǔn)，主要用于程序解析军拟；`keg 文件是純文本文件剃执，可以用文本編輯器打開(kāi)。
以所有ko的分類文件 ko00000.keg 文件為例：
分類層級(jí)按照字母順序排列懈息，示例文件中A 為第一級(jí)分類肾档，B, C, D 依次為第二級(jí)。
我們可以直觀的看到 K00844 屬于Glycolysis / Gluconeogenesis 這個(gè)分類辫继，對(duì)應(yīng)的更上一級(jí)的分類為Carbohydrate metabolism怒见，再上一級(jí)為 Metabolism。
keg 文件格式還是非常容易理解的姑宽，但是使用起來(lái)不夠直觀遣耍，當(dāng)我們想要查詢某個(gè)KO的具體分類時(shí)，如果和這個(gè)KO處于同一分類的節(jié)點(diǎn)太多時(shí)炮车，需要往上翻閱很多行舵变，才能找到對(duì)應(yīng)的分類酣溃；有時(shí)一不小心就翻過(guò)了，就會(huì)搞錯(cuò)纪隙。
當(dāng)然可以通過(guò)程序格式化這個(gè)文件赊豌，比如將這個(gè)文件變成如下的格式：
| KO | Name | C | B | A |
|---|---|---|---|---|
| K00844 | HK… | Glycolysis… | Carbo..bolism | Metabolism |
這樣方便查看條目的詳細(xì)分類信息；
對(duì)于沒(méi)有編程基礎(chǔ)的人來(lái)說(shuō)绵咱，kegg 提供了keggHier 程序碘饼，專門(mén)用于查看brite中的分類信息。軟件是用java 開(kāi)發(fā)的麸拄，提供了圖形界面派昧，簡(jiǎn)單易用黔姜；
下載地址 :
使用方法
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雙加批處理文件啟動(dòng)
image -
從菜單欄點(diǎn)擊
File按鈕拢切，選擇導(dǎo)入kegg網(wǎng)站上的數(shù)據(jù)
image -
這里選擇第一個(gè)
kegg pathway map的分類結(jié)構(gòu)，進(jìn)行查看
image向下的三角形表示展開(kāi)的意思秆吵，這里有3個(gè)淮椰，說(shuō)明pathway 共有3層分類，鼠標(biāo)可以點(diǎn)擊任意一條記錄纳寂，可以展開(kāi)詳細(xì)信息主穗；
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右上角的搜索框可以搜索，通過(guò)搜索框可以快速查找你感興趣的記錄
image
總結(jié)：
brite是存儲(chǔ)分類信息的數(shù)據(jù)庫(kù)毙芜，提供了包含pathway, ko, module, drug, disease忽媒，organism 等所有記錄的分類；分類信息通過(guò)文件進(jìn)行距離腋粥，有
keg和table兩種格式晦雨；通過(guò)
KEGGHier工具，可以方便的瀏覽 KEGG 分類系統(tǒng)隘冲；
