第一次下載茅主,記錄一下。歡迎小伙伴提提建議弃酌,有什么更好更快的下載方式和操作
https://mubu.com/doc/a8VEr7Tfb0
找的時(shí)候居然忘記之前寫過(guò)記錄氨菇。。妓湘。??
參考:https://github.com/JiFansen/Blog/issues/37
其他參考:
http://www.reibang.com/p/80428485c897
下載和安裝軟件
解壓:tar zxf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
安裝:sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh
添加到環(huán)境變量:
echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
測(cè)試 ascp --help
使用conda安裝sra-tools
conda install -c bioconda sra-tools
下載表型數(shù)據(jù)
使用ascp客戶端查蓉,照著dbGaP的指示操作,然后更改程序或配置文件路徑即可(也可以使用krt文件下載)
在My projects里面下載解密秘鑰
加載秘鑰文件
切換到Repository文件夾下榜贴,運(yùn)行解密命令豌研,直接解密文件夾
下載Run數(shù)據(jù),參考prefetch用法
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch
一般使用2種文件唬党,要么是accession list要么是krt文件
nohup prefetch -o kart -X 9999999999999 ~/biodata/dbGap/krt_files/cart_prostate_wxs_* &