下載dbGap數(shù)據(jù)

第一次下載茅主,記錄一下。歡迎小伙伴提提建議弃酌,有什么更好更快的下載方式和操作

https://mubu.com/doc/a8VEr7Tfb0


找的時(shí)候居然忘記之前寫過(guò)記錄氨菇。。妓湘。??


參考:https://github.com/JiFansen/Blog/issues/37

其他參考:

https://anjingwd.github.io/AnJingwd.github.io/2017/08/06/SRA%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%8A%A0%E9%80%9F%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E6%89%93%E5%8C%85%E8%A7%A3%E5%86%B3/

http://www.reibang.com/p/80428485c897

下載和安裝軟件

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

解壓:tar zxf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

安裝:sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

添加到環(huán)境變量:

echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

測(cè)試 ascp --help

使用conda安裝sra-tools

conda install -c bioconda sra-tools

下載表型數(shù)據(jù)

使用ascp客戶端查蓉,照著dbGaP的指示操作,然后更改程序或配置文件路徑即可(也可以使用krt文件下載)

在My projects里面下載解密秘鑰

加載秘鑰文件

切換到Repository文件夾下榜贴,運(yùn)行解密命令豌研,直接解密文件夾

下載Run數(shù)據(jù),參考prefetch用法

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

一般使用2種文件唬党,要么是accession list要么是krt文件

nohup prefetch -o kart -X 9999999999999 ~/biodata/dbGap/krt_files/cart_prostate_wxs_* &

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