用Circos華麗地展現基因組信息，能給論文的錦上添花硬萍。很多做基因組分析的文章必有一個點就是展示基因組的圈圖扩所，目前的去比較好實現這種可視化的一般依靠perl語言（最原始的版本），R語言和
0朴乖、為什么要做圈圖
- 唬人祖屏，華麗（不是）；
- 更好的展現基因組結構及想要突出的信息买羞；
- 更好地展現基因組之間的差異和隱藏的信息赐劣；
1、圈圖展示的信息
- 展現基因組的結構（正負鏈）
- 正負鏈上各自的編碼序列哩都，mRNA序列魁兼，tRNA序列
- 想突出的基因名稱及所在位置
- 比較兩個基因組
2、Circos展示基因組的基礎例子
例子圖一
基因組結構事例圖二
3漠嵌、準備文件
基因組文件
Fasta咐汞，gbk，gff文件（Prokka注釋出來的）最好使用Genbank的文件儒鹿，里面記錄了基因的名稱起始位點等等
Feature 文件（其實是網站特殊版本的gff文件化撕，此處推薦subline文本編輯器共 5 列，列的順序沒有考究網站可以自動匹配對應名稱的列约炎，但是要嚴格按照網站對列進行命名植阴，可大小寫模糊，網站只識別下面的列名）Start: 基因起始位置
Stop: 基因結束位置
Type：編碼序列的種類（CDS/mRNA/gene）
Strand：記錄正鏈還是負鏈的信息
Name：基因的名字
序列的位置信息圾浅，序列種類掠手，名字均可以在gbk中找到
網站要求的feature文件
我們還可以在網站上手動添加feature
在網站上添加feature
操作界面
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1、這是一個上傳了fasta之后的基本操作界面狸捕，顯示了基因組的骨架喷鸽，和大小。
基本操作界面 -
2灸拍、添加track
track的添加
track的編輯
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3做祝、添加標題
標題的設置和位置的調整 -
4、調整骨架
隱藏骨架
骨架調整前
隱藏骨架后
是不是清爽多了呢
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5鸡岗、隱藏Label
Label隱藏前混槐、
Labels的隱藏
4、 網站可以做的程序
在網站上直接prokka注釋轩性，可以得到gff的文件（不會Prokka注釋的小伙伴不擔心）声登；
在網站上跟的序列做blast（還可以進行一定的篩選），兩兩之間的比較基因組學；
計算GC%含量 （GC% content）捌刮；
計算GC偏移（GC% skew）碰煌；
評價
- 總體來說，足夠傻瓜绅作，新手友好芦圾；
- 能在網站上手動添加feature的信息；
- 美中不足 ????還是不能像Circos這個可視化軟件一樣把多條基因序列堆疊起來俄认，一次僅能展示一條基因組的信息个少；
- 不支持和弦圖；
- feature文件的設定過于嚴謹眯杏；
- 個性化的設置依然受到限制夜焦；
- 開放閱讀框顯示的legend不分正負鏈（若是上傳fasta文件就會有正負鏈各有三條信息）
- 基因組的展示效果欠佳；
- 網站經常要排隊岂贩；
網站地址：
網站非常簡潔易學好懂茫经，入門門檻在文本數據的提取，將放在另外一篇日志記錄
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PS：未來會出一篇傳統(tǒng)的Circos從基礎文件準備
